计算ECD操作方法详解.ppt

量子计算ECD操作方法 计算步骤： 初始构象（NOESY, 单晶结构, Chemdraw优化） Sybyl2.0 Random research 结构优化（量子计算） 能量计算（ECD光谱） 图谱拟合（波兹曼能量分布公式） 初始构象 化合物PBAB-8 NOESY（ROESY）：重要的相关信号 参考类似化合物单晶结构 Chemdraw优化 类似化合物单晶结构 化合物结构 Chemdraw优化——构型导入Chem 3D 1、先在chemdraw里画好结构，并确定好构型。另存为mol 格式。 2、将mol 格式导入到Chem 3D里。如果导入之后构型没有发生变化，则直接进行能量最小化操作；若导入之后构型发生了变化，选中那个需要改变的手性碳，然后使用structure里的invert功能，变成想要的构型。 3、能量最小化操作。 Chemdraw优化——构型导入Chem 3D后 invert structure Chemdraw优化——能量最小化 Chemdraw优化——能量最小化 1、如上张幻灯片进行参数设置，然后点击 run 。 2、待能量最小化结束之后，另存为sybyl2(* mol 2)格式。 Sybyl2.0 Random research 文件导入。File—import file—mol 2格式—OK。注意使用英文的文件夹，要不然显示乱码。 Random research 参数设置。注意jobname是自动生成的文件夹，需要更改。 结果分析 Sybyl2.0 Random research Search 之后，会自动在电脑的C盘—用户中生成mdb文件（文件名为之前设置的jobname名字），mdb文件夹里生成很多构象的mol2 格式的文件。 Search 之后，会自动在电脑的C盘—用户中生成tbl文件（文件名为之前设置的jobname名字），tbl文件在后面的结果分析analyze search中会用到。 结果分析 结果分析，打开tbl文件。 结果分析 tbl文件打开之后按能量排序。 结果分析——使用chem 3D软件 1、根据能量由小到大排序，从能量小的开始逐个检查（用chem 3D软件将mdb文件夹里的mol2结构打开），扣除不符合最初导入构型的构象。然后再看下能量差值，选择那些能量≤最小能量+6的构象，但是如果构象不是很多 ，可以把能量大于6的也加进去。 2、利用NOESY相关关系，特别是一些远程相关信号，排除一些不符合NOESY相关关系的构型。 3、将符合最初导入构型的构象另存为Gaussian Input（*gjf）格式。gjf文件放在mdb文件夹里。 结构优化 能量计算 量子计算 1、结构优化 打开gaussian view软件，打开gjf文件。 Calculate—Gaussian calculation setup。参数设置按下面ppt设置。 参数设置 Job Title里要有opt。 “%nproc=”的设置要根据后面在北医计算机的结构投入量决定的。 北医计算机的一个节点能够承受的“%nproc=”的总数为7。 Additional Keywords不填任何信息，保留空白。 参数设置完成之后，点击edit—save— —overwrite it。 保存完之后，再打开此gjf文件参数可能会更改，所以保存完之后不要再打开。 如果需要打开修改，一定要注意有些参数有没有改变。 将存储路径：C:\Users\Administrator\CD-4.mdb\ 删除 最终提交格式：%chk=CD-400016-opt.chk 北医计算机结构优化 按照1-7的步骤进行 北医计算机结构优化 北医计算机结构优化 北医计算机结构优化 最后生成的log文件一定要有normal提示，否则的话重新计算。 2、能量计算 1、将北医拷贝回来的log文件用gaussianview软件打开，然后点击file—save保存为gjf文件。 2、再Calculate—Gaussian calculation setup。参数设置按下面ppt设置。 2、能量计算 Additional Keywords不填任何信息，保留空白。 Title、Link 0、Solvation的设置跟前面结构优化时参数规则一致。 3、图谱拟合 使用gaussVieW软件打开能量计算后的log文件，将E值写在excel中 图谱拟合（波兹曼能量分布公式） ΔG = -RT In K; K=exp (-ΔG/R/T) ΔG×627.5095(kcal/mol); R=0.0019858955; T=298.15K 所有K值相加，取比例在0.01以上的 -