运筹学方法、模型在生物信息学、系统生物学研究中的重要作用-APORC.ppt

*;;*;*;*;*;Girvan, M, Newman, M., Proc. Natl. Acad. Sci, 2002 Ravasz, E, Somera, A, Mongru, D, Oltvai, Z, Barabasi, A., Science, 2002 Radicchi, F, Castellano, C, Cecconi, F., Proc. Natl. Acad. Sci, 2004 Guimera, R, Mossa, S, Turtschi, A., Proc. Natl. Acad. Sci, 2005 Guimera, R, Amaral, L., Nature, 2005 Newman, M., Proc. Natl. Acad. Sci, 2006 Rosvall, M, Bergstrom, C., Proc. Natl. Acad. Sci, 2007 Fortunato, S, Barthelemy, M., Proc. Natl. Acad. Sci, 2007 Weinan, E, Li, T, Vanden-Eijnden, E., Proc. Natl. Acad. Sci, 2008 Rosvall, M, Bergstrom, C., Proc. Natl. Acad. Sci, 2008 Peter J. Mucha, et al., Science 2010 Yong-Yeol Ahn, James P. Bagrow Sune Lehmann，Nature, 2010 ;社团结构探索方法概述;*;*;*;*;*;*;*;错分现象---Misidentification;*;所有对modularity进行研究的论文(指上面所列的的PNAS,Nature,Sience文章)都是试题论证的,即没有解析的证明. 为了彻底分析resolution limit和 Misidentification 现象，我们对两类典型网络建立了优化模型,引入了离散凸分析技术,得到了两类问题的解析解. ;这两个例子出现在PNAS中几乎所有讨论网络模块探测的论文里;Finding 1 对;生物信息学与最优化方法;Finding 3;*;A new OR model ;以上文字定义可以用一个整数线性规划来描述;A qualified min-cut (QMC) algorithm;Experiment results (artificial networks);Experiment results (real networks);致谢;*