PERL在生物信息学中的应用-上海交通大学生物信息学与生物统计学系.ppt

PERL在生物信息学中的应用 主讲：吴茂英 生物信息学与生物统计学系 上海交通大学 主要内容 PERL简介 PERL脚本的编写 PERL变量 Perl语法 PERL与正则表达式 PERL示例 PERL释义 Perl的环境准备 Perl的工具 Perl的功能 Perl的应用 Web编程：CGI，XML处理 系统管理 网络编程（安全脚本）. 数据库管理 图像处理 其他众多的领域。。。 一个示例 #!/usr/bin/perl Print “This is my first perl program\n”; $a=; Print $a; perl的四种变量 Scalar：标量，以$开始，后面以字母或_开头，再后面可以是字母或数字 array：数组，列表，以＠开头 Hash： 哈希，散列，以%开头 文件：大写字母 区分大小写，$Var, $VAR, $var 内置变量$/，$@等 字符串变量 由双引号或单引号标识的一组字符组成。 最少0个字符（“”为空串），最多可以占满内存，末尾不含null(‘\0’) “${str}ing” = $str + “ing” != $string 记住一些常用的转义字符 print “the \$var is $var.” 注意单引号的用法：不替换、不转义 变量初值 未创建时状态为undef，到达文件尾也为undef 说明变量为未定义：undef $a; 用在条件判断中：　if(undef $a) 代替不关心的变量： $s=“a:b:c:d; ($a1,undef,undef,$d1)=split(/:/, $s); 如果有undef变量又不知在哪，可加-w参数进行提示　 #!/usr/bin/perl -w 创建后状态为defined 一般用在条件判断中　if(defined $a) 整数初值为0，字符串初值为空串””。一般未赋值就使用时 $result = $undefined + 2; 相关函数 length()：字符串长度 uc, lc, ucfirst, lcfirst：改变大小写函数 substr, index, pos：字符串函数 sin等三角函数 rand(), srand()：随机发生函数 $lastchar = chop($str) # 截去最后一个字符 $result = chomp($str) # 截去末尾的行分隔符（通常为”\n”），行分隔符由$/定义 控制结构 if(condition1){} elsif(condition2){}else{} unless(){} until(){} do{} until() while(){} do {} while () for(;;){} foreach循环语句 foreach 语法：foreach $w(list|array){statement} ()内可以是数组@a，也可以是列表(1,2,3) 数组元素值可以修改，列表则是常量 $w不影响本来已定义的变量$w，循环结束后恢复 可以用$a(@a)用相同的变量名称 示例： foreach $a(@a){}用于数组 foreach $a(1,2,3,4){}用于列表 foreach $k(keys %h){}用于哈希/散列 foreach $a(@a[1,2,4]){}仅对数组部分元素 foreach (@a){}缺省循环变量为$_ 循环控制 last：退出循环 next：进入下一循环 redo：重新执行本次循环 goto：跳转 continue{statement} 单行条件语句与循环语句 print $a if $a==0; print $a unless($a==0); print $a while ($a--=0); print $a until ($a--==0) 列表——数组的形式 形式：(1,”a”,2.3, $a, $x+1)，其元素可以是数字、字符串、变量、表达式 空列表()，单元素列表(2)不同于标量2 qw(1 $a str) ()可以用其他符号表示，如 元素可以是数值、变量、不带引号的字符串，中间用空格分开 范围表示的列表 ..：范围运算符，每次增加1，如1..3 (1..6)=(1,2,3,4,5,6) (1,2..5,6)=(1,2,3,4,5,6) (3..3)=(3) (2.4..5.3)=(2.4,3.4,4.4) (4.5..1.6)=() (“aa”..”ad”)=(“aa”,”ab”,”ac”,”ad”) $month=(’01’..’31’) ($a,$a+3)=(3,4,5,6) if $a=3 数组——列表的存储 @a=(1,2,3)，不同于$a，初始值为() 元素形式：$a[0]表示第一个元素，索引从0开始