Icimapping QTL中文操作说明MAPChinese.pdf

双亲群体的QTL作图 (BIP) 请注意: 开始之前, 请确认您的计算机已安装了QTL IciMapping集成软件! 1. 打开软件: QTL IciMapping 软件可通 过两种方式打开 ? 双击QTL IciMapping 软件在桌 面上的快捷图标 ? 从”所有程序”菜单中选择QTL IciMapping 软件 2. 软件浏览. 单击StartPage中的”左箭头”或 ”右箭头”, 可以看到: ? 软件所能处理的遗传群体类型 ? 共显性标记是如何编码的 ? 显性标记是如何编码的 ? 隐性标记是如何编码的 1 双亲群体的QTL作图 3. 建立一个”新工程” ? 单击”File”菜单 ? 选择”New Project” ? 输入”工程名称” (例如, 图 示中的工程名称为Tutorial) 和选择路径 (例如, 图示中 的路径为D:\) ? 单击”OK” 完成”新工程”创 建 或者 3. 打开已存在的工程 ? 单击“File”菜单 ? 指向“Recent Projects” ? 从工程列表中选择将要打 开的工程名称 ? 在此工程下，查看曾经使 用过的功能和已开展工作 产生的结果 与此工程相关的输入文件、 输出文件都自动保存在工程 所在的路径D: …\Tutorial\... 双亲群体的QTL作图 4. 向工程中导入一个双亲作图 群体 ? 单击“File”菜单，指向 “Open File”菜单，然后选 择“*.bip”文件类型 ? 或者，单击“Open”快捷键， 然后选择“*.bip”功能 (即双 亲群体QTL作图的BIP功能) ? 选择待打开的群体文件 (例如: C:\CAAS\QTL IciMapping\Examples\BIP \BarleyDH.bip) 单击此处打开EXCEL 2003/2007文件 双亲群体的QTL作图 5. BIP功能浏览：BIP功能包含三个窗口 ? 工程窗口: 工程中第一次使用BIP功能 时，工程窗口中自动产生一个BIP节点。 在BIP节点下，产生新的节点，如 BarleyDH.BIP，代表不同的作图文件 作图群体和结果展示窗口 参数设置窗口 工程窗口 ? 作图群体和结果展示窗口: 打开 的作图群体BarleyDH.bip的内容 展示在此窗口。与作图群体相 关的输出文件也可以展示在此 窗口 ? 参数设置窗口: 通过该窗口，用户可以设置或改变作图参数 双亲群体的QTL作图 6. 利用默认方法和默认参数的 QTL作图 ? 单击“Start”快捷键，系统 则对选定方法和参数进行 QTL作图 ? QTL作图完成后，自动产生“Results” 节点 ，节点下列出所有的输出文件， 双击文件名称，文件内容就会出现 在“结果展示窗口” ? 也可通过菜单项 Task - Start QTL Mapping进行QTL作 图 ? 如选择“Deletion”， 缺失表型数据不用于 QTL作图 (表型缺失个 体的标记型数据仍会使 用) ? “扫描步长”是1 cM； “逐步回归标记进入的 概率 (PIN)”是 0.001 (POUT = 2*PIN = 0.002) ； “LOD 临近值”是 2.5； 未使用排列检验 ? 只有一个方 法被选中， 即 ICIM-ADD 双亲群体的QTL作图 7. 查看检测到的QTLs ? 双击输出文件 “BarleyDH.qic”，就会 在“结果展示窗口”显示 文件内容 8. 去那里看LOD曲线图? ? 双击工程窗口中的BarleyDH.bip节点， 将其设置为当前作图群体 ? 检测QTL的信息显示在“结果展示窗 口”，例如QTL所在的染色体，位置， 侧连标记，LOD值，表型变异解释率 (%)，加性效应等 ? 也可通过单击结果展示窗口 中的BarleyDH.bip 文件名， 将其设为当前作图群体 ? 单击ADD图标浏览QTL 作图产生的图形; 或者 通过Figures菜单浏览 QTL作图产生的图形 双亲群体的QTL作图 9. QTL作图产生的图形 ? QTL作图产生的图形将显示在一个新的窗口中 双亲群体的QTL作图 9. QTL作图产生的图形 ? 单击Add按钮将遗传效应曲线和LOD曲线绘制在; Add是一个开关按钮, 再次单击将关闭功能. 双亲群体的QTL作图 9. QTL作图产生的图形 ? 单击C-=按钮绘制所以染色体上的LOD/ADD曲线 双亲群体的QTL作图 9. QTL