细菌学教学课件 第十章 细菌基因组学课件.pptVIP

宏基因组（狭义） 狭义宏基因组学则以生态环境中全部细菌和真菌基因组DNA作为研究对象，它不是采用传统的培养微生物的基因组，包含了可培养和还不能培养的微生物的基因，通过克隆、异源表达来筛选有用基因及其产物，研究其功能和彼此之间的关系和相互作用，并揭示其规律 人类宏基因组学 把人体内所有微生物菌群基因组的总和称为“人体宏基因组”(human metagenome)。 人类宏基因组学(human metagenomics)研究人体宏基因组结构和功能、相互之间关系、作用规律和与疾病关系的学科。它不仅要把总体基因组序列信息都测定出来，而且还要研究与人体发育和健康有关的基因功能。 人类宏基因组计划目标是：把人体内共生菌群的基因组序列信息都测定出来，而且要研究与人体发育和健康有关的基因功能 宏基因组的研究步骤 分离特定环境生物DNA 纯化大分子量DNA进行克隆 将带有宏基因组DNA的载体通过转化方式转入模式微生物建立各自的无性繁殖系 对宏基因组文库的DNA进行分析 谢谢！ 通过该图谱可分清各基因或分子标记之间的相对距离与方向，如靠近着丝粒或端粒。 该图谱的构建是以位于同一染色体相邻的2个基因或遗传标记的重组率为基因，因而需要有参考家系和分子遗传标记或基因作为研究基础。 2. 物理图谱 指DNA序列上两点间的实际距离。 用于确定各遗传标记间的物理距离有两种物理图谱： （1）以已定位的DNA序列标记位点（STS）为位标，以DNA实际长度为图谱距离的基因组图谱。 （2）由YAC和/或细菌人工染色体（BAC）连续克隆重叠群组成的物理图谱。 3. 转录图谱（表达图谱） 以EST为位标，根据转录顺序的位置和距离绘制的图谱，它是染色体DNA某一区域内所有可转录序列的分布图，是基因图的雏形。 方法：用已在染色体定位的YAC DNA或BAC DNA为探针，与所有可能相关的各组织cDNA文库杂交，寻找其同源克隆并做进一步分析。 4. 序列图谱（分子水平的物理图谱） 以某一染色体上所含的全部碱基顺序绘制的图谱。 既包括可转录序列，也包括非转录序列，是转录序列、调节序列和功能未知序列的总和。 举例：Nisin 基因簇 （三）结构基因组学研究常用方法 1. 脉冲场凝胶电泳（PFGE） 2. 毛细管电泳 3. 基因芯片技术 4. 全基因组随机测序 四、功能基因组学 1. 概念： 利用结构基因组学提供的信息，以高通量，大规模实验方法及统计与计算机分析为特征，全面系统地分析全部基因的功能。 研究角度包括：生物学功能、细胞学功能、发育学功能等。 2.功能基因组学常用方法和技术 ⑴ RNA干扰技术（RNAi） ⑵蛋白质组学研究 ⑶生物信息学研究 RNA干扰技术（RNAi） 将一段dsRNA导入机体或细胞后，与它有同源序列的基因的表达被干扰或抑制的现象。dsRNA依赖的转录后基因沉默。1998，Fire，线虫 作用机制 A. Dicer 和Slicer依赖模式: 果蝇胚胎细胞和培养细胞S2 B. 随机降解“PCR”模型: 果蝇，线虫，真菌 秀丽新小杆线 虫（C. elegans） 蛋白质组学(proteomics) 蛋白质组( proteome ) : 是由澳大利亚学者Wasinger 等于1995 年提出的,是指由基因组编码的全部蛋白质。 蛋白质组学(proteomics) 就是指研究细胞内所有蛋白质及其动态变化规律的科学。 生物信息学 生物信息学是以计算机为工具,用数理及信息科学的理论和方法研究生命现象,对生物信息进行储存、检索和分析的一门学科。 五、比较基因组学 利用人类基因组与模式生物基因组之间编码顺序上组织结构上的同源性，发现和克隆人类和其他物种的基因，提示基因功能，从而阐明物种的进化关系及基因组的内在结构。 直接获取基因进行研究工作； 通过与已测序基因的比较，预测新基因的功能与 在代谢中的可能作用分析； 通过分析相关基因活性帮助建立细胞中完整的代 谢网络； 疾病诊断与预测；疫苗与药物的开发； 基因进化、乃至物种进化的分析 基因组学提供众多学科全新的起点 细菌基因组研究的意义 基因组研究在医学的应用 基因组研究的生物技术应用 微生物的进化 A 基因组研究在医学的应用 1 致病相关基因的鉴定 2 设计特异的实验诊断方法 3 疫苗的研究 4 新型抗生素的开发 1. 致病相关基因的鉴定－ 通过基因组比较鉴定病原相关基因 流感杆菌： 7种内毒素（脂多糖）基因－－25种新基因 细胞表面定居的粘附分子－－重复序列 2. 设计特异的实验诊断方法 寻找高度特异的核酸序列 实验技术 PCR 杂交技术（Microarray，DNA chip) 应用 鉴定病原种类进行临床诊断 病原分型的流行病学研究