中科大MaterialsStudio培訓教程包你学会！请将这一系列全看完一定有收获.pptVIP

反应物;目的: 介绍如何使用 DMol3 和 Reaction Preview 工具进行过渡态搜索的计算。 对简 单反应，这种方法是有效的。模块: Materials Visualizer, DMol3前提: 用局域内坐标对固体进行结构优化。;1.建立一个计算模型 选择 creating a new project，建立名为vinylOH 的project 。;改为球棍显示;按下Adjust Hydrogen 按钮 ，点击一次Clean 按钮 ，拖动结构模型，使得和下图相似，以球棍模型显示。;* 在这个新的3D 界面文件中，点击O-H 键。按下键盘上的DELETE 键。点击Sketch Atom 按钮 ，然后是孤立的H 原子，以及亚甲基团中的C 原子。如果画分子有问题，则删除3D Atomistic.xsd上的原子，再进行CTRL+C、CTRL+V。;点击一次Clean 按钮 。 现在结构就和下面的看上去相似了。;现在需要把该结构的文件名改为product.xsd。右击工作浏览器Project内的3D Atomistic.xsd，将其名称改为product.xsd，回车。; 刚才指定了使用的Hamiltonian 和计算的精度。精度决定了使用的基组(basis set)和轨道的截断cutoff。这里基组为DND。可以在Electronic 栏里检查这些参数的设置。现在需要应用电子分布热平滑thermal smearing来加快结构优化的收敛。 点击Electronic 标签。检查SCF 是不是设为Medium。按下More…按钮，显示了DMol3 的Electronic 选项对话框。在SCF 标签栏里，勾选上Using smearing 选项。关闭DMol3 Electronic选项对话框。; 现在准备开始计算了。 让reactant.xsd 成为当前工作文件。点击Job Control 标签。按下More…按钮，显示了DMol3的工作控制选项对话框。确认Update structure，Update graphs 和Update textual results 三项被勾选上。关闭Job Control 选项对话框，点击Run 按钮。;当第一个计算结束后，对product.xsd 重复刚才的操作。 把当前工作文件换为product.xsd，点击DMol3 计算对话框上的Run 按钮。 计算过程中，计算的进程用图表和文本文件的形式展现出来。;在Project中双击reactant.xtd文件，动画显示工具按钮Animation 激活。 ;设置显示方式，按播放键 。;在继续工作之前，需要关闭Materials Visualizer 中的所有文件。 关闭DMol3 计算对话框。选择File\Save Project，然后Window\Close All。 双击几何优化子文件夹中的reactant.xsd 和product.xsd。 现在工作区域中只有两个优化了的结构。;3. 定义原子对 用DMol3 进行过渡态搜索，反应物和产物的所有原子都必须配对对应。这个可以通过使用工具栏里的反应预览(Reaction Preview)功能来实现。 从菜单条中选择Window | Tile Vertically，使反应物和产物以肩并肩的形式显示。;现在准备开始对反应物和产物结构中的原子进行对应配对(物质不灭) ;同样从Product 的下拉树形图中的几何优化文件夹中选择product.xsd。;双击反应物栏(reactant column)中的2xC。 在产物栏里的对应的文件夹同时打开了。反应物栏包含了1:C 和2:C，它们应该直接和产物栏里的对应物相匹配，以下的步骤将对此加以确认。; 认为反应物和产物里的两个1:C原子是等价原子，点击Auto Find。 寻找等价原子(Find Equivalent Atoms)算法匹配了2个C和1个H原子。还有3个H原子未匹配。; 仍有3个H原子没有匹配，重复上面的手动匹配步骤。双击反应物栏(reactant column)中的3xH。在产物栏里的对应的文件夹同时打开了。反应物栏包含了4:H、5:H 和7:H，分别点击反应物框里的4:H和产物框里的4:H，两个对话框里的H原子被选上，两个3D 文件里的碳原子也同时被选中。;点击Set Match，还剩下5H、7H未匹配。重复这个过程，继续点击Set Match来匹配剩下的没有配对的原子。; 反应