多序列比对讲解.ppt

多序列比对   (Multiple Alignments);分析多个序列的一致序列,识别蛋白质家族的序列模式 辅助预测新序列的二级或三级结构,相似的蛋白质序列往往具有相似的结构与功能 PCR 引物设计 用于进化分析，是用系统发育方法构建进化树的初使步骤,寻找同源基因;一个多序列比对例子;多序列比对与进化研究例子;多序列比对方法;多序列比对总体思路;在多序列比对前要考虑的问题;全局序列比对; 序列长度为 n 的双序列比对 n2 比对 比对数目成指数增长 例如：序列长度为n，序列数为N 的多序列　　　　比对数目是nN 对于数目较少且较短的序列来说都不切实际;Sequence 1;分而治之 (Divide and Conquer, DCA)方法(Stoye,et al,1997) 将MSA的空间复杂度减小 DCA在线MSA 　http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/dca-simple.html　 ;So in effect …;SP(Sum of Pairs)方法;SP 方法例子; 计算所有双序列比对的分数 用这些分数构建进化树 基于进化树计算双序列比对权重 基于进化树构建一个启发式多序列比对(Heuristic Alignment ) 计算每一对双序列比对的最大权重ε 计算比对的空间位置以达到最佳比对 完成最佳比对 输出与最大权重ε比较所获得的ε 慢且消耗大量内存 最大可以比对8-9 个长约250的氨基酸残基;?针对基于动态规划算法的MSA程序比对序列数目有限， Feng Doolittle(1987)发明了累进算法 ?主要思想:通过双序列比对构建进化关系,并通过这种关系来构建序列比对 ? CLUSTAL 和 PILEUP 是目前常用的基于累进算法的比对软件 ? CLUSTAL 是免费软件,目前应用非常广泛。 分为基于文本的CLUSTALW和图形用户界面的CLUSTALX http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/ClustalX/Top.html ? T-Coffee 是一种新的基于CLUSTAL的程序， 它在比对关系较远的系列上较CLUSTAL更具优势， 但速度较CLUSTAL 要慢 ;1 对所有序列做双序列比对， 构建距离矩阵计算相似性分数值;一般的累进比对方法;果仁糖累进方法(Praline progressive strategy);累进算法的一些问题;ClLUSTALW/X简介;CLUSTAL方法;ClustalX;ClustalX;ClustalX;ClustalX;ClustalX;Example;PILEUP;Output of Pileup;Output of Pileup;ClUSTAL和PILEUP存在的问题;针对累进比对方法的不足产生了迭代??法 迭代方法策略 在比对过程中不断重新比对各亚组序列 把亚组序列再排成包括所有序列在内的整体比对 获得最优的总比对分数（由成对比对分数相加而成） ;迭代方法程序;一种由计算机科学家发明的普通机器学习算法 一种很好的解决进化改变问题的方法 原理：通过重排模拟进化过程中空位的插入与重组来尝试多种的MSA方案，以达到越来越高的MSA记分 缺点：序列超过20条时会变的非常慢 与模拟退火算法相近，模拟退火算法是通过其概率途径来调整已有的比对来获得高记分的MSA;局部序列比对;概形分析 (Profile Analysis);概形分析 (Profile Analysis);不同物种HSP70蛋白的profile图;ACD……VWY;A C D . . Y;用CLUSTALX进行Profile比对;区块分析;MSA中的统计学方法 (Statistical Methods）;最大期望运算法则;EM算法策略;MEME(Multiple EM for Motif Elicitation);MEME结果;吉布斯取样器(Gibbs Sampler);隐马尔可夫模型(HMM);隐马尔可夫模型(HMM);HMM示意图;How to create a HMM;Example: 1. Sequence selection;2.Alignment;模型建立;位置特异性记分矩阵;用PSSM来搜寻一条序列，以找到此序列具有PSSM所代表的序列模体(motif) 的可能位置 用来搜索整个数据库以寻找额外的具有相同模体(motif)的序列 寻找蛋白质家族所共有的序列模式、转录因子结合位点和内含子与外显子交界区共有的序列模式;序列标语(Sequence Logos);MSA编辑;MSA编辑器;CINEMA;MSA编辑器