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计算机辅助药物设计 李翔 5111619036 2014.Oct.21 Report on Database: SWISS-MODEL 李翔 5111619036 一、概述 SWISS-MODEL 是一个同源建模服务器和已注释的蛋白质三维结构同源模型数据库。 SWISS-MODEL 在 1993 年即告建立，在自动建模领域担任了先锋者的角色，直至今日也是使 用最广泛的免费网络自动建模工具。2002 年，服务器计算了 120,000 次 3D 蛋白质建模的用 户请求。 二、方法简介 目前，同源建模是最精确的建立可靠三维蛋白质结构模型的方法，在很多实际操作中都 有所应用。同源建模（或称“比较建模”）利用通过实验测定的蛋白质 3D 结构（称为“模 板”，即 template），并且该蛋白质的氨基酸序列应与目标序列有显著的相似性。以模板作 为台架（scaffold）基础，对目标序列（target sequence）进行建模，其步骤是：选择模板， 目标与模板的联配，建立模型，评估，循环重复，直到得到一个满意的模型为止。它是目前 唯一能够从蛋白质的氨基酸序列（目标序列）出发，建立 3D 模型的计算方法。 三、模式与组成部分 SWISS-MODEL 通过其 web 界面提供了不同层面的用户交互：在 First approach mode（简 捷模式）中，用于建模的单个氨基酸序列或是 Swiss-Prot/TrEMBL 编号（accession）可以直 接通过 web 界面提交，服务器会完全自动地为目标序列建立模型。用户可以指定模板结构 的来源：可以选择从 PDB 数据库抽取得到的内建模板库，也可以直接上传 PDB 格式的坐标 文件。其二是 Alignment mode（联配模式），该模式是基于用户指定的目标序列-模板配对， 然后使用多序列联配的结果，序列中至少包括目标序列和模板。服务器会基于比对结果建模。 更为复杂的建模任务可以通过 Project mode（项目模式）中的 DeepView 完成，这是一个整 合的“从序列到结构”工作台。用户可以使用 DeepView 来建立一个项目文件，它包含了模 板结构，以及目标序列与模板的配对结果。在此模式下，用户能够更好地控制建模过程中的 细节，例如选择不同的模板，手工编辑目标序列和模板的联配结果，以便正确地定下插入和 删除的位置。项目完成之后，所有的模型都会与一份详尽的建模报告一起通过 email 发送给 用户。而且，该模式还提供了可选的 WhatCheck 分析以及 ANOLEA 评估。除此之外，项目模 式还能够用于重复改进 First Approach mode 的结果。 现在，SWISS-MODEL 包括了三个紧密相关的部分：1) SWISS-MODEL pipeline，是一套软 件工具与数据库，用于自动蛋白质结构建模；2) SWISS-MODEL Workspace，是基于网络的图 形用户工作区；3) SWISS-MODEL Repository，是一个持续更新的模式生物蛋白质组同源建模 数据库。 四、建模步骤 简单来说，同源建模主要包括以下四个步骤：1) 选择模板；2)目标模板配对；3)建立模 型；4)模型评估。这四个步骤都可以重复进行，直至得到满意结果。具体来说，SWISS-MODEL 可被描述为刚性片段组装。具体步骤如下： 1.模板选择。SWISS-MODEL 会从 PDB 中抽取数据，建立模板库 ExPDB。PDB 坐标文件会 被分割为独立的蛋白质链，其他有用的信息也会被加入文件头中。给定目标序列后， SWISS-MODEL 会从 ExPDB 中搜寻，若有模板覆盖了目标序列的关键区段，建模过程会分离 成为几