用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法用于细菌鉴定和分类的分子生物学方法.pptVIP

;主要内容;DNA-DNA杂交;DNA-DNA杂交;结果的判定：一般认为核酸杂交同源性小于 20％为不同菌属，20％ ～60％ 为属内紧密相 关的种，60％ ～70％为同种内不同亚种，大 于70％为同一亚种。 ;16SrDNA在细菌分类鉴定的应用;其序列包含10 个可变区（variable region）和11 个恒定区（constant region），其中V1、V2、V3和V4共4个高变区，尤其是V2这一高变区，由于其进化速度相对较快，其中所包含的信息，足够用于物种属及属以上分类单位的比较分析。因此，Johes S W和Neller H F等报道测定16 S rDNA基因的部分序列即可达到鉴定的目的;;细菌核心基因（看家基因）;1.信息的存储和加工 DNA的代谢：（1）基本的复制功能（2）DNA的修复、限制和 修饰 RNA的代谢 ： （1）基本的转运功能（2） 翻译 （3） RNA的降解 2 蛋白质的加工、折叠、分泌 3 细胞的结构和细胞壁的加工 4 活跃且处于中间的代谢 ;gyrB基因;DNA促旋酶是一种细菌Ⅱ型拓扑异构酶，在DNA复制及DNA超螺旋结构的维持过程中起着重要的作用。 （1）gyrB基因序列全长约为1．2—1．4 kb，平均碱基替换率为每100万年变化0．7％~0．8％ ，比16SrDNA的每5000万年变化1％的速度快。 （2）由于其作为蛋白编码基因，其所固有的遗传密码子的兼并性使得DNA序列可以发生较多的变异而不改变氨基酸序列，尤其是密码子的第3位碱基 ，这就使得gyrB基因序列在区分和鉴定细菌近缘种方面，比非蛋白编码基因16 S rDNA具有更高的分辨率。 ;Kasai在对小单孢菌属(Micromonospora)15个有效描述的种和4个亚种的gyrB序列的研究中，得到了与基于16 S rDNA序列相似的系统发育关系，但种内关系结果不同。经过与DNA—DNA杂交的比较分析，结果表明：基于gyrB序列的分类关系更符合DNA—DNA杂交结果。;Soler等用gyrB和rpoD序列分析气单胞菌属(Aeromonas)的系统发育时发现，这2个基因具有相同的置换率(小于2％)和相似的变异位点(分别为34％ 和32％)，分别用gyrB、rpoD或结合这2个基因的序列分析的结果均与已有分类结果一致。在种内水平上，gyrB对相近的种具有很高的分辨率，rpoD能把混杂在一起的种区分开来，综合这2个基因的序列分析能更好地区分相近的分类单元。;rpoB:核糖核酸聚合酶是在所有的生物体内在转录以及最终的目标是控制基因表达的调控路径。rpoB基因编码五个亚单位中的一种，β亚单位基因所编码的。 rpoB基因已经用于在临床微生物中的细菌的分子鉴定,它是细菌的一个核心基因。其可变区域位于2300bp到3300bp之间，;16Srrna：1468~1478bp sodA:435bp rpoB :680BP gyrB ；458bp groEL :757bp Partial sequence comparison of the rpoB, sodA,groEL and gyrB genes within the genus Streptococcus Partial recN gene sequencing: a new tool for identification and phylogeny within the genus Streptococcus Olga O. Glazunova, Didier Raoult and Ve′ ronique Roux 研究了65株链球菌（其中有58个种和9个亚种）;在不同种的细菌类型中，16SrRNA的基因序列的相似性是88.8%到99.7%之间，sodA基因的序列相似性是63.6%到100%，ropB序列的相似性是在76.1%到97.6%之间。gyrB基因序列的相似性是在64.6%到97.5 %之间，groEL的序列相似性是在72.6%到96.6%。recN基因序列的相似性是从56.4%到98.2%之间 16SrRNA序列相似性在两种亚种之间是从97.6%到99.9%。sodA基因的序列相似性是88%到98.9%，ropB序列的相似性是在97.95到99.6%之间。gyrB基因序列的相似性是在93.7%到98.5%之间，groEL的序列相似性是在93.9 %到98.8%。recN基因序列的相似性是从98%到89.8%之间. ;Nucleotide sequence similarities between species and divergence between subspecies of the genus Streptococcus ;recN represents t