29.热孜万古丽《基于转录组测序分析独行菜bHLH类转录因子》.pptVIP

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2017-05-12 发布于湖北
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29.热孜万古丽《基于转录组测序分析独行菜bHLH类转录因子》

LOGO LOGO 基于转录组测序分析独行菜bHLH类转录因子学院：生命科学学院班级：生物技术12-3班姓名：热孜万古丽·艾力指导老师：曾卫军 (博士) 答辩日期：2016年5月15日实验材料与方法结果与分析小结 2 3 4 研究背景 1 目录 1.研究背景独行菜（Lepidium apetalum Willd.）属于十字花科独行菜属，分布十分广泛。新疆北部的独行菜属于典型的早春短命植物。前期课题组研究独行菜种子低温萌发的调控机制时，发现较高温度处理独行菜种子解除低温萌发停滞的过程涉及大量转录因子。其中bHLH类转录因子在生物中广泛存在，尤其在植物中。独行菜的bHLH类转录因子的分析目前鲜有报道。因此本论文对独行菜bHLH类转录因子进行初步的分析。 1) 材料：独行菜种子，采集于乌鲁木齐鲤鱼山。 2)数据库： Nr,Nt,Pfam,KOG/COG,Swiss-Prot,KEGG,GO。用BLAST程序搜索 NCBI(National Center for Biotechnology Information)Gene Bank中的序列信息 3)所用软件：ClustalX2和MEGA6和Trinity。。 2.实验材料与方法 3.结果与分析 3.1 独行菜种子bHLH类转录因子成员分析经过转录组数据分析，除去冗余，总共获得102个bHLH类转录因子。基因名称 ID编号基因表达变化基因名称 ID编号基因表达变化 c32412_g1bHLH2 上 c31749_g1 bHLH30 XM_006302373.1 下 c17123_g1 bHLH147 XM_002870130.1 下 c6477_g1 bHLH87 NM_113028.2 下 c32007_g1bHLH84 NM_127040.3 上 c14194_g1 bHLH113 NM_100451.3 下 c5853_g1 bHLH113 XM_009112785.1 上 c12853_g1 bHLH87 CP002686.1 下 c23595_g1 bHLH74 NM_100886.6 下 c20191_g1 bHLH BIM3 BX829552.1 下 c8844_g1 bHLH109 XM_009129368.1 上 c15383_g1 bHLH76 CP002686.1 下 c15140_g1 bHLH80 NM_103240.2 下 c38602_g1 bHLH30 XM_002887160.1 下 c21105_g1 bHLHPIFI XM_006297537.1 上 c1465_g1 ABA-INDUCIBLE bHLH-TYPE CP002685.1 下 c38092_g1 bHLH137 XM_006401983.1 下 c15308_g1 bHLH96 CP002684.1 下 c14495_g1 bHLH90 XM_002889775.1 下 c18176_g1 bHLH78 NM_124232.3 下 c36417_g1 bHLH67 下 c13194_g1 bHLH62 XM_002884598.1 下 c17839_g1 bHLH 106 NM_129678.2 下 c13535_g1 bHLH66 NM_127988.5 下 c19994_g1 bHLH68 NM_119054.5 下 c21421_g1 bHLH49 上 c132_g1 bHLH137 XM_002865784.1 下 c14729_g1 bHLH35 AK318721.1 下 c38862_g1 Bhlhpopeye NM_001203101.1 下 c3735_g1 bHLH45 XM_002882404.1 上 c10266_g1 bHLH70 下 c16621_g1 bHLH024 AK229267.1 上 102个bHLH类转录因子成员基因名称 ID编号基因表达变化基因名称 ID编号基因表达变化 c16362_g1 bHLH157 NM_001124075.1 下 c27751_g1 bHLH020 XM_002878587.1 上 c20191_g1 bHLH141 BX829552.1 下 c18247_g1 bHLH122 BX815133.1 下 c31476_g1 bHLH27 XM_009139630.1 无 c16868_g2 bHLH60 XM_006402776.1 下 c29443_g1 bHLHprotein AJ277509.1 下 c28186_g1 b