1第11章节微生物分类和鉴定.pptVIP

第十一章 微生物的分类和鉴定 ;概 论;11.1 通用分类单元;种以上的分类单元;11.1.2 种的概念;11.1.3 学名;（二）三名法 当某种微生物是一个亚种（subspecies, 简称subsp)或变种(variety, 简称var，是亚种的同义词）时，学名就应该按三名法拼写： 学名=属名（斜体）+种的加词（斜体） +符号subsp或var （正体） +亚种或变种的加词（斜体） 例1：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种（蜡螟苏云金芽孢杆菌） Bacillus thuringiensis (subsp) galleria 例2：酿酒酵母椭圆变种（椭圆酿酒酵母） Saccharomyces cerevisiae (var) ellipsoideus;11.1.4 亚种以下的分类单元;11.2 微生物在生物界的地位;（4） 五界系统：1969年，R.H.Whittaker在Science上发表了“生物界级分类的新观点”的著名论文。在吸取前人工作经验的基础上，提出了五界学说。五界系统包括：动物界（ Animalia）、植物界（Plantae）、原生生物界（Protista）（包括原生动物、单细胞藻类、粘菌）、真菌界（Fungi）、原核生物界（Monera）(包括细菌、蓝细菌）。 （5）六界系统：1977年，我国学者提出六界的设想， 即在上述Whittaker五界系统的基础上再加上一个病 毒界。;2.三域学说： 1977年，C.R.Woese比较研究了多种生物的16S rRNA或18S rRNA的核苷酸序列，在1978年由R.H.Whittaker等人提出了三原界三域学说，“域”是一个比界更高的界级分类单元，三域指的是细菌域、古生菌域和真核生物域。;;11.3 各大类微生物的分类系统;（2） 《伯杰氏系统细菌学手册》纲要 《伯杰氏系统细菌学手册》分5卷出版，手册把原核生物分为古生菌界和细菌界两界，它们相当于三域学说中的两域。其中古生菌界共包括2门、5组、8纲、11目、17科和63属，共有208个种；而细菌界则包括16门、26组、27纲、62目、163科和814属，共有4727个种。因此，至今所记载过的整个原核生物共有4935种。;11.3.2 真核微生物分类系统——真菌字典（Dictionary of Fungi） 据估计，在地球上生存的真核微生物有150万种，而目前已记载的只有7万-9万种，全球每年发现的新种约有1500个。自1729年Michei首次对真核微生物进行分类以来，有代表性的分类系统有10多个。目前得到学术界广泛采用的是Ainsworth第七版（1983年）的《安.贝氏菌物词典》（ Ainsworth and Bisby’s Dictionary of Fungi), 它把真核微生物分成粘菌门和真菌门，而真菌门又分为5个亚门(鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门和半知菌亚门）。;;11.4 微生物的鉴定;经 典 鉴 定 指 标;11.4.2 现代分类鉴定方法;③ rRNA寡聚核苷酸编目分析： 通过分析原核或真核细胞中最稳定的rRNA寡聚核苷酸 序列同源性程度，来确定不同生物间的亲源关系和进化 谱系的方法。16S或18S rRNA编目分析的基本原理是： 用一种RNA酶水解 rRNA后，可产生一系列寡聚核苷酸 片段，如果两种或两株微生物的亲缘关系越近，则其所 产生的寡聚核苷酸片段序列也越接近。 通过T1RNA酶的水解，可使rRNA形成1-20个核苷酸 单位的寡聚核苷酸片段，选择其中含6个以上核苷酸的 片段进行测序。计算两菌间寡聚核苷酸片段的相关系数 SAB= 2N AB/ N A+ N B ;④ 微生物全基因组序列的测定： 对微生物全基因组进行测序，是当前生命科学领域中掌握某微生物全部遗传信息的最佳途径。从1990年起，在人类基因组计划的推动下，微生物全基因组测序工作进展很快，在2000年的一年中，几乎每个月都有新记录出现。;（2）数值分类法 又称统计分类法，是一种依据数值分析的原理，借助现代计算机技术对拟分类的微生物对象按大量表型性状的相似性程度进行统计、归类的方法。现代数值分类学是1957年由英国学者Sneath 在研究细菌分类时提出的。 首先要准备一批待研究的菌株和有关典型菌种的菌株，在比较不同的菌株时，要采用一套共同的可比特征，研究它们在形态、生理、生化、遗传、生态和免疫学方面的特征，所用特征越多，所得结果准确性越高。;数值分类法（numerical taxonomy）分类的基本步骤： （1）计算两菌