CoMFA简介教程.ppt

CoMFA简介;主要内容;1.理论背景;基本原理;2.步骤;1）训练集;结构多样性;活性范围和分布;进入sgi工作站;进入sybyl;构建分子;结构优化;未收敛;命名;保存在数据库中;2）叠合;方法一 自动叠合;方法二：手动叠合;左侧工具栏中的Reset;;3)分子场计算;Filemolecule spreadsheetopen, 选中要打开的数据库;立体和静电场,也可单选;添加参数后的表格;4）交叉验证分析;A）先进行Leave－One－Out分析，确定主成分数 B）后进行Corss－Validate分析;如何选取主成分数N;Crossvalidated (q2);B）后进行Corss－Validate分析;5）结果解释;查看三维等值线图;Compounds with low activity;6）活性预测与设计;3.从工作站上抓图 ;4.如何提高q2参数;转动、平动; 转动; 平动;找到最佳q2对应的格点r0_0_1.rgn，打开original文件 截取相应部分令存为trans.rgn，可以用于后续的交叉验证分析;选trans.rgn文件