绿僵菌非核糖体肽合成酶的生物信息学分析 (1).pdfVIP

第 32卷 第 2期 周 口师范学院学报 2Ol5年 3月 Vo1．32No．2 JournalofZhoukouNormalUniversity M ar．2015 绿僵菌非核糖体肽合成酶的生物信息学分析 张 杰 (周 口师范学院 生命科学与农学学院 ，河南 周 口466001) 摘 要 ：通过生物信息学的方法对绿僵菌非核糖体肽合成酶进行 了分析．生物信息学分析表 明：其一级结构并 不保守；二级结构含有 15个d螺旋结构 、9个8折叠 、多个无规则卷 曲；三级结构可能有酰基激活酶 、乙酰辅酶 A绑定位点和腺苷一磷酸绑定位点结构域．三维建模表示在 Swissmodel数据库中具有可靠的模型．理化性质 分析表 明其是稳 定性 的蛋白质． 关键词 ：绿僵 菌；非核糖 体肽合成酶；蛋 白质 中图分类号 ：Q936 文献标志码 ：A 文章编号 ：l671—9476(2015)02—0090—04 DoI：10．13450／．cnki．jzknu．2O15．02．O25 病原真菌 中非核糖体肽合成酶的产物由5～ BIAST／tblastn搜索绿僵菌 的核酸序 列，进而获 10个苯环或开环连接而成 的环状 四肽所构成 的毒 得非核糖体肽合成酶基因的全长序列． 素类物质[ ]．非核糖体肽合成酶 由腺苷酰化结构 1．2．2 序列的生物信息学分析 域 、巯基化结构域和缩合结构域所构成 的模块组 用 DNAman软件对非核糖体肽合成酶蛋 白序 成 ]，在蓝绿藻和丝状真菌中产生的毒索具有宿主 列运行 clustalW，对亲水性 、疏水性和跨膜结构进 特异性 ．非核糖体肽是微生物代谢产物的衍生 行分析 ；应用 MEGA 5．0构建系统发育树 ；用 The 物 ，在植物 、昆虫和哺乳动物 中非核糖体肽是组 PSIPRED Protein SequenceAnalysisW orkbench 蛋 白脱 乙酰基酶 (HDACs)的抑制因子之一，然而 ， 和 COILSonline分析二级结构 ；用 NCB1blastp 病原菌侵染宿主时抑制宿主 HDACs致病和生物 在线分析可能的结构域 ；用 swissmodel(http：／／ 合成的机制 目前 尚不清楚 ，但有报道认为其为莽 swissmode1．expasy．org／)数据库在线建模和 三级 草酸途径的分支_[8]． 结构分析 ；用 SignalP4．1Server预测蛋 白质序 利用生物信息学技术对绿僵菌非核糖体肽合 列的信号肽剪切位点；蛋白质结构域的预测州在线 成酶的进化 、二级结构 、三级结构 、跨膜结构域及 SMART(http：／／smart．embl—heidelberg．de／)；利 物理化学性质分析 ，可以为绿僵菌非核糖体肽合成 用 KEGG数据库分析其所在 的信号通路 ；利用 酶生物学功能 的进一步研究提供科学依据． ProtParam(http：／／web．expasy．org／cgi—bin／pro— tparam／protparam)数据库在线预测分析其物理和 1 材料 与方法 化学性质． 1．1 材料 2 结果与分析 以NCBI(http：／／www．ncbi．nlm．nih．gov／)数 据库中的绿僵菌基因组数据为材料． 2．1 非核糖体肽合成酶一级结构和结构域 1．2 方法