基于DNA结合特异性权重矩阵的TAL效应物靶标预测.pdfVIP

第 ??卷第 ?期? 平顶山学院学报? ???．?????．?? ????年 ??月? ?????????????????????????????????? ???．????? 基 于 ???结合 特 异 性 权 重 矩 阵 的? ???效 应 物 靶 标 预 测? 李可力?，玉延 华?，陈庆锋? ??．广西大学 计算机与电子信息学院，广西 南宁 ??????；? ?．广西大学 生命科学与技术学院，广西 南宁 ???????? 摘? 要 ：计算预测 出 ???效应物的候选靶 标有助于高效地确定????效应物的靶基 因 ，进 而阐明????效? 应物 的生物学功能，但 是 目前在 ???效应物靶标计算预测方 面的研 究仍然很 少．为 了设计 出预 测 ???效应 物靶? 标 的有效算 法，基 于 ???效应 物 的 已知 靶标 数 据 ，构 建 了 ???效 应 物靶 点 的 ???一核苷 酸 关联 矩 阵 ，并将? ???一核苷酸关联矩阵归一化成 ???特异性概率矩阵 ，为靶标预 测构 造新的打 分 函数．实验 结果表 明，改进 的? ???效应物靶标预测算法对大部分已知靶标预测的打分排名比已有算法更靠前，并且结合基 因表达数据可以预? 测 出 ???效应 物 的新 的候 选靶 标 ．? 关 键 词 ：???效应物 ；结合特异性 ；位 置权 重矩 阵?????；打分 函数 ；靶 标预测? 中图分类号 ：????．?? 文献标 识码 ：?? 文章编号 ：????— ????????????— ????— ??? 特点有助于分析和破解 ???效应 物与其 ???结? ? 引言? 合位点?即靶点 ?的识别密码．???效应物家族蛋? ???效应 物 ????????????????????????— ??????????—? 白具有相似的结构 ，而决定其与靶点特异性结合的? ?????是 由黄单胞杆菌属?????????????的植物病原? 结构 是 位 于 蛋 白 中 部 重 复 区 域 ??????????—? 菌分泌的毒性 因子或无毒 因子 ，属于 ???结合蛋? ?????? ??．对不同的 ???效应物 而言 ，该重复区? 白家族【????．???效应物通过细菌的三型分泌系统? 域 由不同数 目的串联 的重复单元 ????????组成 ，而? ??????????????????????????，?????进 入 植 物 细胞 后 ，? 每个重复单元 的第 ??和第 ??个氨基酸是高度可? 就 会 转 移 到 细 胞 核 ，与 特 定 的 寄 主 基 因 启 动 子? 变 的，被 称 为重 复 可变 双 残 基 ???????— ????????? ???序列 ?即靶点?结合