基于HMM的齿肋赤藓VOZ转录因子的预测与分析.pdfVIP

第 ??卷 第 ?期? 生 物 信 息 学? ???．?????．?? ???????年 ?月? ??????????????????????????·???????? ???．，????? ???：??．????／?．????．????— ????．????．??．??? 基于 ??? 的齿肋赤藓 ???转 录因子的预测与分析? 高 贝? ，李小双? ，张道远? ??．中国科学 院干旱区生物地理与生物资源重点实验室 ，中国科学 院新疆生态与地理研究所 ，乌鲁 木齐 ??????；? ?．中国科学 院大学 ，北京 ???????? 摘 要 ：??????????????????????????????????????????作为 与植 物的进化 与发 育密切相 关的基 因，在极端耐早荒漠苔藓植物齿 肋? 赤藓 ??????????????????????中对 ???基 因进行挖 掘和 分析有利于更好 的揭示 ???基 因的进化关 系，且 可作 为抗逆基 因进行 更? 为深入 的分 子生物学研 究。在 ???转录 因子 蛋 白中 ???—??????是 一个保 守的 ???结合 结构功能域 ，利用 ???—??????多序? 列联配构建 隐马尔可夫模型序列谱能够很好 的进行 家族成 员 的识 别和预 测。利用拟 南芥 、小立碗 藓和水稻 等植物 已知 的转? 录 因子序列信 息构建 ???序 列谱模 型，对荒 漠苔藓 齿肋赤藓 转录组进 行 比对搜 索。最终 得到 一条新 的齿肋赤藓 ???转录? 因子 ???????????／???检 索号：?????????，序列长度 为 ????????，具有完整 的 ???．??????结构域 。生物信息 学分 析表 明其? 具有转录调控功 能和核 定位 潜能。多序列 比对 、进 化和保 守基序分 析表 明，??????蛋 白序列 与小立碗藓 ???家族和 拟南芥? ??????相似度 较高。本研究为进一步研 究 ??????基 因的功 能以及 其进 化起 源奠定 了基础。? 关键词 ：齿肋 赤藓；???转录 因子；隐马模型 ；生物信息学? 中图分 类号 ：????．?? 文献标志码 ：?? 文章编号 ：????— ??????????一??—???—???