基于SVM和平均影响值的人肿瘤信息基因提取.pdfVIP

第 ??卷 第 ?期? 生 物 信 息 学? ?????????．?? ???????年 ?月? ?????????????????????????????????? ???．，????? ???：??．????／?．????．????— ????．????．??．??? 基 于 ??? 和 平 均影 响值 的人肿 瘤 信 息基 因提 取? 李凌波 ，张 静?，陈 丹? ?云南大学数学 与统计学院 ，昆明 ????????? 摘? 要 ：基于基 因表 达谱 的肿瘤分 类信 息基 因选取是发现肿瘤特异表达 基 因、探 索肿瘤基 因表达模 式的重要手段 。借助 由基? 因表达谱获得 的分 类信息进行肿瘤诊断是 当今 生物信息学领域 中的一个 重要研 究方 向，有望成为 临床 医学上 一种快速 而有? 效 的肿瘤分 子诊 断方法。鉴于肿瘤基 因表达谱样本 数据 维数 高、样本 量小以及 噪音大 等特 点，提 出一种 结合支持 向量机 应用? 平均影响值来寻找肿瘤信 息基 因的算法 ，其优点是 能够搜 索到基 因数量尽可能少 而分 类能力尽可 能强的多个信息基 因子集。? 采用二分类肿瘤数据集验 证算法的可行性和有效性 ，对于结肠癌样 本集 ，只需 ?个基 因就能获得 ???％ 的 留一法交 叉验证识? 别准确率。为避免样本 集的不同划分对分类性能 的影响 ，进 一步采用全折交叉验证 方法来评估各信 息基 因子集 的分 类性能 ，? 优选 出更可靠 的信息基 因子集。与基 它肿瘤分类方法相 比，实验结果在信息基 因数量 以及分类性能方面具有 明显的优势。? 关键词 ：基 因表达谱 ，秩和检验 ，支持 向量机 ，平均影响值 ，全折交叉验证? 中图分类号 ：????．?? 文献标识码 ：?? 文章编号 ：????— ??????????一??— ???— ???