在生物分子识别作用的动态构象效果卢玉超.doc

 HYPERLINK /jingpin/youhua/zhihua/index.htm 2009-2010学年研究生植物化学课程译文 课程教师 王俊儒 2010.1.15 2009-2010学年研究生植物化学课程译文 卢玉超译 本译文习作草稿仅供浏览，错误之处请反馈  HYPERLINK mailto:wangjr07@163.com wangjr07@163.com第  PAGE 6 页 共  NUMPAGES 6 页 本译文习作草稿仅供浏览，错误之处请反馈  HYPERLINK mailto:wangjr07@163.com wangjr07@163.com 第  PAGE 5 页 共  NUMPAGES 6 页 在生物分子识别作用的动态构象效果 David D Boehr1, Ruth Nussinov2,3 Peter E Wright4 分子识别是至关重要的所有生物过程在过去的50年。，科什兰的诱导适合的假设一直是分子识别教科书事件的解释。然而，最近的实验证据支持的一种替代机制。 构象选择假定所有的蛋白质构象前存在，而配体选择最喜爱的构象。绑定之后乐团经历了一个人口迁移，重新分配的构象状态。构都适合选择和诱导似乎发挥的作用。继主构象选择事件，侧链和骨干互动优化结合有可能进行一个合适的机制引起的。构象选择方式是观察蛋白质配体，蛋白质，蛋白质，DNA，蛋白质，RNA和RNA的配体的相互作用。这些数据支持了如信号，催化各种进程的新的分子识别模式，基因调控和蛋白质在疾病的聚集，这有可能大大影响了我们的观点和策略，在药物设计，生物分子工程和分子进化。 非常具体和严格管制生物大分子之间的相互作用在生物体中的所有进程的基础。一个分子识别的基本机制的了解，因此对了解生物在分子水平上。用于分子识别的两个机械解释教科书费的锁和钥匙model1和科什兰的诱导适合hypothesis2。在锁和钥匙的模式，自由和配体结合蛋白的构象基本相同，而诱导符合第一步，即这两种状态之间的构象的差别是具有约束力的驱动蛋白对相互作用的结果一个新的构象是进一步补充其约束力的合作伙伴。简单来说，无论是锁和钥匙和适应模型的诱导治疗的蛋白质，犹如在一个单一的，在特定的实验条件下稳定的构象存在。但是，蛋白质样品内在活力和构象一个巨大的合奏。因此，热容易构子状态比本土的其他（即最低能量）构象可能在分子recognition3重要的角色。（见图1）。的构象选择可供选择的模式考虑到这一构异质性，认为弱人口，较高的能源构象是识别并结合，与实现这些conformers4 - 6以后的人口转移的合作伙伴负责。由动力学数据调用，解释和抗体抗原识别specificity7 - 10和推广适用于所有具有约束力的事件，构象选择和人口转移model4 - 6，11挑战假设之间的自由与配体结合蛋白构象的差异引起的自动牵连适应型的分子识别机制。此外，既然50岁的诱导适应假说在化学和生物学和分子识别的核心作用已经在所有生物的过程，这几十年的理论的基本物理原理为基础的替代影响，值得认真考虑。 构象选择模型来自蛋白质的结构和dynamics3，5,11,12能源景观理论。在生物能源加工理论是最熟悉的蛋白质折叠funnel3，5,13条件，但它也有相互作用的约束力和蛋白质function4，5,14方面都有重大影响。自由能的蛋白质加工在于动态的平衡不同的构象或子状态。该子状态的人口按照统计热力学分布和能源分离子状态定义障碍高度的时间刻度的构象交流。如果自由能壁垒相对较低的玻能源（博通），热波动会导致一个以上的构象州大量人口在溶液中。阿配体相互作用的最低能量构象，或与一个高能量的填充solution4，5,11头号构子状态。在所有情况下，不具有约束力的相互作用诱导构象变化，它只是导致了人口的迁移，即对已经预先存在于溶液构象子状态的相对人口重新分布。在此背景下，锁和钥匙模型是构象选择限制的情况时，互动的合作伙伴选择绑定到最低能量构象。 构象选择的证据将导致在自由状态替代构特征类似于最后配体结合conformation8，这将需要补充的研究表明，随着一个约束子状态的人口少（全配体相互作用这次检讨，我们将使用术语约束来指蛋白质的unliganded，有一个象一如当年的配体束缚态构子状态）。在过去，象一个比大多数人口高度密集的解决方案或在其他晶体结构表征一直很困难。幸运的是，单分子，核磁共振和其他光谱技术现在开始阐明真正的蛋白质构象的多样性更多的光线在solution15 - 19。这些方法揭示了象子状态的存在类似于束缚态和由unliganded蛋白质构象合奏人口的一部分，对存在的这些约束子状态推断以前只能通过计算蛋白质dynamics