分子静电和扩散过程的并行有限元计算与自适应网格生成.PDF

分子静电和扩散过程的并行有限元计算与自适应网格生成? ? 谢妍? ? 摘?要? ? 本文基于三维并行自适应有限元软件平台?PHG?开展了生物溶液中分子静电及扩散过程 的模拟算法研究以及自动网格生成算法的工作.? ? 分子静电及扩散过程方面,?我们研究了求解各类典型方程的有限元离散方法以及基于? Slotboom?变量的对称变换,?研制了并行有限元程序,?研究了几种低? 松弛技术并分析了离散方程条件数,?使用了高阶有限元和自适应加密技术提高数值精度,?完成了 小球模型以及?AChE?系统,?DNA?片段的数值模拟.?我们还引入了?SUPG?和?PRFB?两种广泛使用 的稳定化方法使得有限元模拟更加稳定,?并成功应用在了?Gramicidin?A,??VDAC,?PA?等离子通道 上,?通过静电势和离子浓度分布的信息计算了包括?I-V?曲线等静电特征.? ? 为了生成复杂体系的有限元网格,?我们之前使用的是一个网格生成工具链,它由一系列现 有软件或工具组成,?主要包含三部分:?表面网格的产生,?网格质量的提高以及四面体网格的生成.? 本文中我们研究了一种新的网格生成方法,?它基于?PHG?的网格自适应局部加密和界面匹配功能,? 具有更高的效率并且和有限元计算结合更加密切.?我们通过求解非线性?Poisson-Boltzmann?方程 的后验误差估计,?溶剂化能,?最小二面角分布和最短最长边比率分布等数据验证了这种网格生成 算法的有效性.?采用这种方法生成的网格不仅捕捉了原有几何外形,并且由于求解方程的过程紧 随其后,?极大地缩短了从建模到模拟的周期.? ? 最后,?我们指出了本文的一些可能的后续研究方向,?包括引入半导体方程计算中使用的指 数基函数来改进有限元计算的稳定性,?以及基于几何流的网格质量优化来解决子网格表面磨光的 问题.? ? ?