高通量测序技术平台流程及应用.pptVIP

SOLiD全称为supported oligo ligation detetion，它的独特在于以四色荧光标记寡核苷酸的连续连接合成为基础，取代了传统的聚合酶连接反应，可对单拷贝DNA片段进行大规模扩增和高通量并行测序。 2005年底，454公司推出了革命性的基于基于焦磷酸测序法的超高通量基因组测序系统，其特点是边合成边测序（sequencing-by-synthesis）。之后454公司被Roche以1.55亿美元收购。一年后推出新一代GS FLX。 Genome Analyzer最早由Solexa公司研发，利用其专利核心技术”DNA簇”和”可逆性末端终结(reversible terminator)”，实现自动化样本制备及基因组数百万个碱基大规模平行测序。Solexa于2007年被Illumina以6亿美金收购 Total RNA的DNase I 酶消化 ↓ mRNA 分离和随机打断 ↓ cDNA第一链和第二链的合成 ↓ DNA片段的末端修复 ↓ 将“A”碱基加入到DNA片段的3′末端 ↓ 在DNA片段的末端加上特定接头 ↓ PCR扩增连上接头的DNA片段 ↓ 文库的检测 ↓ DNA在Cluster Station上的成簇扩增 ↓ Illumina?Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息学分析 Illumina 转录组测序流程 基因组DNA随机打断 ↓ DNA片段的末端修复 ↓ 将 ‘A’ 碱基加入到 DNA片段的3’末端 ↓ DNA片段末端加上特别处理的甲基化接头 ↓ 重亚硫酸盐处理 ↓ 去盐处理 ↓ PCR扩增连上接头的DNA片段 ↓ 文库检测 ↓ DNA 在Cluster Station上的成簇扩增 ↓ Illumina Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息学分析 Illumina DNA甲基化测序流程 染色质免疫共沉淀 ↓ 目的DNA片段 ↓ DNA片段的末端修复 ↓ 将 ‘A’ 碱基加入到 DNA片段的3‘末端 ↓ DNA片段末端加上接头 ↓ PCR扩增加上接头的DNA片段 ↓ 文库检测 ↓ DNA在Cluster Station成簇扩增 ↓ Illumina Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息学分析 Illumina ChIP-seq测序流程 Meta基因组的提取 ↓ DNA随机打断 ↓ DNA片段末端修复 ↓ 将‘A’碱基加入到DNA片段的3′末端 ↓ 在DNA片段的末端加上接头 ↓ 纯化连接产物 ↓ PCR扩增连上接头的DNA片段 ↓ 文库的检测 ↓ DNA在Cluster Station的成簇扩增 ↓ Illumina Genome Analyzer上的测序 ↓ 生物信息组装/分析 Illumina Meta-Genomics DNA测序流程 收集10-15ml孕妇外周血 ↓ 提取血浆中游离DNA ↓ Q-PCR定量总DNA含量 ↓ 构建DNA文库 ↓ Agilent和Q-PCR检测文库浓度 ↓ Cluster制备和Genome Analyzer上的测序 ↓ Pipeline 和Eland分析 ↓ 计算每条染色体的Z-score值 Illumina 血浆微量DNA测序流程 Have a Good Journey in the NGS ? * * * 高通量测序技术平台流程及应用 主要内容 高通量测序平台简介 三大NGS平台测序流程 主要步骤 三大NGS平台其他应用方向 NGS其他应用方向测序流程举例 以Illumina平台为例 三大NGS平台测序流程 片段化DNA回收 PCR扩增 文库有效性验证 主要步骤 三大NGS平台其他应用方向 ABI SOLiD系统应用方向 测序和重测序 全基因组表达图谱分析 SNP分析 microRNA分析 ChIP分析 DNA甲基化分析 Roche GS FLX系统应用方向 微生物（基因组和抗药性） 艾滋病毒（抗药突变和预诊） 肿瘤基因组和突变 环境基因组（Metagenomics） 传染病源快速鉴定 DNA甲基化 多重单核苷酸多态性（SNP）分析 转录基因组研究 全基因组小分子RNA（miRNA）分析 细菌人工染色体 人体基因组结构和突变 染色质免疫沉淀 考古学 Illumina Genome Analyzer系统应用方向 DNA Fragment文库测序 DNA Mate-pair文库测序 Small RNA测序 数字化表达谱测序 转录组测序 DNA甲基化测序 ChIP-seq Meta-Genomics DNA测序 血浆微量DNA测序 NGS其他应用方向测序流程举例 --以Illu