用C++面向对象技术实现复杂生物网络集存储.docVIP

Hans Journal of Data Mining数据挖掘, 2011, 1, 21-25 /10.12677/hjdm.2011.12006 Published Online October 2011 (/journal/hjdm/) Using C++ Object-Oriented Technology to Realize the Restore of Complex Biological Network Set Xiangzhen Zan, Biyu Xiao, Peng Xu, Wenbin Liu Department of Physics and Electronic Information Engineering, Wenzhou University, Wenzhou Email: xiangcheng2436@163.com; wbliu6910@126.com Received: Sep. 6th, 2011; revised: Sep. 18th, 2011; accepted: Sep. 23rd, 2011. Abstract: The development of high-throughput biotechnology emerged in a mass of biological network data. How to dig out the conservative frequent pattern effectively from complex biological networks is one of the hot issues in contemporary systems biology. For the reasons that the biology data tends to have the features of large sacle and high demension, to develop a software that can mine the frequent patterns from these biologi- cal networks is apt to face a storage prolem. Therefore, we use the method of C++ object-oriented to tackle this problem and discuss its application of frequent pattern mining from biological networks in the end of our paper. Keywords: Biological Networks; Frequent Patterns; Storage 用 C++面向对象技术实现复杂生物网络集存储 昝乡镇，肖碧玉，许 鹏，刘文斌 温州大学物理与电子信息工程学院，温州 Email: xiangcheng2436@163.com; wbliu6910@126.com 收稿日期：2011年 9月 6日；修回日期：2011年 9月 18日；录用日期：2011年 9月 23日 摘 要：高通量生物技术的发展涌现出了海量的生物网络数据。如何有效的从复杂的生物网络集中挖 掘出保守的频繁模式是当代系统生物学研究的热点问题之一。由于生物数据规模大、维数高等的原因， 开发出从复杂生物网络集中挖掘出保守频繁模式的应用软件往往面临着一个存储表示的难题。本文用 C++面向对象的相关技术，研究了生物网络集的存储表示，并在文中最后讨论了该方法在频繁模式挖 掘中的应用。 关键词：生物网络集；频繁模式；存储 1. 引言 式挖掘可以排除生物数据中的各种干扰，挖掘出有生物 意义的模式。通常，共表达网络中的频繁稠密子图可能 近年来，随着 DNA 测序技术和高通量技术的发 表示一簇紧密的共表达聚类，通过这种方法得到的基因 展，生物学研究的热点已经逐步把分子生物学推入到 簇可以进行基因功能的注释和疾病基因的发现等。 系统生物学时代。生物网络作为一种描述生物分子间 鉴于这一研究的重要性，很多生物信息学家开发 出了一些应用软件，如 CODENSE 、NeMo[6]等。传 统的邻接矩阵或邻接表方法在处理大规模网络集 (网 络数在几十到上百，基因个数在 5000~10,000)时在时 间和空间方面都存在很大的局限，本文用 C++面向对 相互作用关系的研究模型，在揭示生物体的生长、发 育、衰老和疾病等生命系统的基本分子过程和规律中 [5] 受到越来越多的重视[1-4] 。生物网络主要包括基因调控 网络、蛋白质网络、