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2017-05-08 发布于湖北
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基于粗粒化的流感病毒蛋白进化树.pdf

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基于粗粒化的流感病毒蛋白进化树

第29 卷第 10期模式识别与人工智能 Vol.29 No.10 2016年10月 PR AI Oct. 2016 * 基基于粗粒化的流感病毒蛋白进化树构建李阳唐旭清 (江南大学理学院无锡214122) 摘要在127065条血凝素、神经氨酸酶流感病毒蛋白基础上,提出基于粗粒化的病毒蛋白进化树的构建方法. 首先基于病毒蛋白序列特征,给出序列间相似性度量,提取流感病毒系统层次递阶结构,并定义层次聚类指标,确定最佳聚类数.然后基于距离中心最近的原则提取流感病毒系统代表.最后采用距离度量构造流感病毒进化树.实验表明,相同流感病毒具有宿主相同、时间跨度较小、爆发地点相近,更倾向于处于相同分支的特点,这与已有的文献吻合,因此该方法有利于挖掘病毒变异轨迹. 关键词流感病毒,进化树,粗粒化,结构聚类,大数据处理中图法分类号 TP391;O29 DOI 10.16451/ ki.issn1003-6059.201610007 引用格式李阳,唐旭清.基于粗粒化的流感病毒蛋白进化树构建.模式识别与人工智能,2016,29(10):936- 942. Construction of Phylogenetic Tree of Flu Virus Proteins Based on Coarse Graining LI Yang,TANG Xuqing (School of Science,Jiangnan University,Wuxi214122) ABSTRACT Based on the coarsegrainingtheory,amethodfor constructingphylogenetictreeoffluvirusproteins is proposed by combining total 127 065 hemagglutinin and neuraminidase protein sequences. Firstly,to det