6.gaussian09输入输出文件简介.ppt

Gaussian 09 输入输出文件 2018-8-4 1 内容摘要 2018-8-4 2 Gaussian输入文件的建立方法 2018-8-4 3 GaussView 建立输入文件 GaussView 提供了Gaussian大部分常用方法的选项，设置非常简单、直观。 2018-8-4 4 文本编辑输入文件 文本编辑的特点是快速指定所需要的计算方法和运行资源等。但容易出现格式错误。 2018-8-4 5 一个典型的Gaussian 输入文件 2018-8-4 6 Link 0 命令 Route 部分 Title 部分 分子说明 部分 空一行 输入文件的组成 2018-8-4 7 输入文件语法规则 2018-8-4 8 Link 0 命令 2018-8-4 9 Chk文件说明 2018-8-4 10 Route 部分 2018-8-4 11 Route 部分: 几个样本 2018-8-4 12 Gaussian 09 提供的计算方法及基组 2018-8-4 13 Title 部分 2018-8-4 14 分子说明部分 2018-8-4 15 分子说明部分 2018-8-4 16 分子说明部分 2018-8-4 17 Gaussian的坐标体系 2018-8-4 18 R1 R2 A1 内坐标 每个原子的坐标都是相对于其它原子的 O1 O2 O1 B1 H3 O1 B2 O2 A1 H4 O2 B2 O1 A1 H3 D1 B1 1.32 B2 0.96 A1 109.5 D1 90.0 内坐标 O1 O2 O1 1.32 H3 O1 0.96 O2 109.5 H4 O2 0.96 O1 109.5 H3 90.0 直角坐标 vs.内坐标 对原子数较少的体系，使用内坐标优化的速度要比使用直角坐标快：所以绝大多数量子化学和DFT软件都使用内坐标进行计算。 Y X R1 R2 A1 冗余内坐标 在能正确定义结构所需内坐标的基础上，程序在计算中还要补全被省略的内坐标，补上的坐标称为冗余的内坐标； 使用冗余内坐标是为了能得到合理的优化结构，并且效率更高。 使用R1、R2、R3、A1、A2和二面角1234可正确定义此四元环的结构。 但变量中缺少了对R4的定义，那么在优化中就不会去考虑1-4的力常数，可能导致优化到不合理结构，比如1和4原子相互远离 2 3 1 4 R1 R2 R3 A1 A2 R4 1,2二氧丁烷 (1,2 dioxetane) 冗余内坐标 15步 笛卡尔坐标20步 2018-8-4 23 冗余坐标编辑器 【Edit】→【Redundant Coordinates】 2018-8-4 24 额外的输入信息 2018-8-4 25 额外的输入信息 2018-8-4 26 额外的输入信息 2018-8-4 27 Title及分子说明部分 空1行 C H 0 使用第一种基组的元素符号，元素符号间有空格，行末以“0”结尾 6-31G(d) 第一种基组的名称 **** 第一种基组定义结束标记 O N 0 使用第二种基组的元素符号，行末以“0”结尾 6-31+G(d) 第二种基组名称 **** 第二种基组定义结束标记 Ni 0 使用第三种基组的元素符号，行末以“0”结尾 LANL2DZ 第三种基组名称 **** 第三种基组定义结束标记 Fe 0 使用第四种基组的元素符号，行末以“0”结尾 SDD 第四种基组名称 **** 第四种基组定义结束标记-------------以上为基组定义部分 空1行--------------------------------------以下为定义赝势的部分 Ni 0 使用第一种赝势的元素符号，行末以“0”结尾 LANL2DZ 第一种赝势名称，赝势定义不用“****”做结束标记，与基组相区别。 Fe 0 使用第二种赝势的元素符号，行末以“0”结尾 SDD 第二种赝势名称 结尾空两行以上 GaussView中的设定 2018-8-4 28 多步任务 2018-8-4 29 专题：自旋多重度的判断 2018-8-4 30 2018-8-4 31 专题：自旋多重度的判断 能量 0 专题：自旋多重度的判断 专题：自旋多重度的判断 2018-8-4 33 专题：自旋多重度的判断 2018-8-4 34