A Grafting Strategy for the Design of Improved G-Quadruplex Aptamers and High-Activity DNAzymes 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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A Grafting Strategy for the Design of Improved G-Quadruplex Aptamers and High-Activity DNAzymes 英文参考文献

AGraftingStrategyfortheDesignofImprovedG- QuadruplexAptamersandHigh-ActivityDNAzymes TaoLi1,2,ErkangWang1,2,ShaojunDong1,2 * 1State Key Laboratory of Electroanalytical Chemistry, Changchun Institute of Applied Chemistry, Chinese Academy of Sciences, Changchun, Jilin, China, 2Graduate SchooloftheChineseAcademyofSciences,Beijing,China Abstract Nucleicacidaptamersaregenerallyobtainedbyinvitroselection.SomehaveG-richconsensussequenceswithabilityto foldintothefour-strandedstructuresknownasG-quadruplexes.AfewG-quadruplexaptamershaveproventobindhemin toformanewclassofDNAzymewiththeperoxidase-likeactivity,whichcanbesignificantlypromotedbyappendingan appropriatebase-pairingduplexontotheG-quadruplexstructuresofaptamers.Knowingthestructuralroleofbasepairing, here we introduce a novel grafting strategy for the design of improved G-quadruplex aptamers and high-activity DNAzymes.Todemonstratethisstrategy,threeexistingG-quadruplexaptamersarechosenasthefirstgeneration.Abase- pairing DNA duplex is grafted onto the G-quadruplex motif of the first generation aptamers. Consequently, three new aptamerswiththequadruplex/duplexDNAstructuresareproducedasthesecondgeneration.Thehemin-bindingaffinities andDNAzymefunctionsofthesecondgenerationaptamersarecharacterizedandcomparedwiththefirstgeneration.The resultsindicatethreeG-quadruplex aptamersobtained bythegrafting strategy havemoreexcellentproperties thanthe corresponding original aptamers. Our findings suggest that, if the structures and functions of existing aptamers are thoroughlyknown,thegraftingstrategycanbefacilelyutilizedtoimprovetheaptamerpropertiesandtherebyproducing betternext-generationaptamers.Thisprovidesasimplebuteffectiveapproachtothedesignofnucleicacidaptamersand DNAzymes. Citation: LiT,Wang E,Dong S (2009) AGrafting Strategy for the Design of Improved G-Quadruplex AptamersandHigh-Activity DNAzymes. PLoSONE 4(4): e5126.doi:10.1371/journal.pone.0005126 Editor:MaximAntopolsky,UniversityofHelsinki,Finland ReceivedFebruary1