An Exact Expression to Calculate the Derivatives of Position-Dependent Observables in Molecular Simulations with Flexible Constraints 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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An Exact Expression to Calculate the Derivatives of Position-Dependent Observables in Molecular Simulations with Flexible Constraints 英文参考文献.doc

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An Exact Expression to Calculate the Derivatives of Position-Dependent Observables in Molecular Simulations with Flexible Constraints 英文参考文献

AnExactExpressiontoCalculatetheDerivativesof Position-DependentObservablesinMolecular SimulationswithFlexibleConstraints PabloEchenique1,2,3,4*,ClaudioN.Cavasotto5,MonicaDeMarco3,PabloGarca-Risuen?o1,2,3, J.L.Alonso3,2,4 1Instituto de Qu?′mica F?′sica ‘‘Rocasolano’’, Consejo Superior de Investigaciones Cient?′ficas (CSIC), Madrid, Spain, 2Instituto de Biocomputacio′n y F?′sica de Sistemas Complejos(BIFI),UniversidaddeZaragoza,Zaragoza,Spain,3DepartamentodeF?′sicaTeo′rica,UniversidaddeZaragoza,Zaragoza,Spain,4UnidadAsociadaIQFR-BIFI, Zaragoza,Spai,5SchoolofBiomedicalInformatics,UniversityofTexasHealthScienceCenteratHouston,Houston,Texas,UnitedStatesofAmerica Abstract Inthiswork,weintroduceanalgorithmtocomputethederivativesofphysicalobservablesalongtheconstrainedsubspace when flexible constraints are imposed on the system (i.e., constraints in which the constrained coordinates are fixed to configuration-dependentvalues).Thepresentedschemeisexact,itdoesnotcontainanytunableparameter,anditonly requiresthecalculationandinversionofasub-blockoftheHessianmatrixofsecondderivativesofthefunctionthrough whichtheconstraintsaredefined.Wealsopresentapracticalapplicationtothecaseinwhichthesoughtobservablesare the Euclidean coordinates of complex molecular systems, and the function whose minimization defines the flexible constraintsisthepotentialenergy.Finally,andinordertovalidatethemethod,which,asfarasweareaware,isthefirstof itskindintheliterature,wecompareittothenaturalandstraightforwardfinite-differencesapproachinatoysystemandin threemoleculesofbiologicalrelevance:methanol,N-methyl-acetamideandatri-glycinepeptide. Citation:EcheniqueP,CavasottoCN,DeMarcoM,Garca-Risuen?oP,AlonsoJL(2011)AnExactExpressiontoCalculatetheDerivativesofPosition-Dependent ObservablesinMolecularSimulationswithFlexibleConstraints.PLoSONE6(9):e24563.doi:10.1371/journal.pone.0024563 Editor:DarrenR.Flower,AstonUniversity,UnitedKingdom ReceivedDecember30,2010;AcceptedAugust15,2011;PublishedSeptember12,2011 Copy