FastBLAST Homology Relationships for Millions of Proteins 英文参考文献.docVIP

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2017-05-11 发布于上海
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FastBLAST Homology Relationships for Millions of Proteins 英文参考文献.doc

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FastBLAST Homology Relationships for Millions of Proteins 英文参考文献

FastBLAST:HomologyRelationshipsforMillionsof Proteins MorganN.Price1,2*,ParamvirS.Dehal1,2,AdamP.Arkin1,2,3 1PhysicalBiosciencesDivison,LawrenceBerkeleyNationalLaboratory,Berkeley,California,UnitedStatesofAmerica,2VirtualInstituteforMicrobialStressandSurvival, Berkeley,California,UnitedStatesofAmerica,3DepartmentofBioengineering,UniversityofCaliforniaBerkeley,Berkeley,California,UnitedStatesofAmerica Abstract Background:All-versus-allBLAST,whichsearchesforhomologouspairsofsequencesinadatabaseofproteins,isusedto identifypotentialorthologs,tofindnewproteinfamilies,andtoproviderapidaccesstothesehomologyrelationships.As DNAsequencingacceleratesanddatasetsgrow,all-versus-allBLASThasbecomecomputationallydemanding. Methodology/Principal Findings: We present FastBLAST, a heuristic replacement for all-versus-all BLAST that relies on alignmentsofproteinstoknownfamilies,obtainedfromtoolssuchasPSI-BLASTandHMMer.FastBLASTavoidsmostofthe workofall-versus-allBLASTbytakingadvantageofthesealignmentsandbyclusteringsimilarsequences.FastBLASTrunsin two stages: the first stage identifies additional families and aligns them, and the second stage quickly identifies the homologsofaquerysequence,basedonthealignmentsofthefamilies,beforegeneratingpairwisealignments.On6.53 millionproteinsfromthenon-redundantGenbankdatabase(‘‘NR’’),FastBLASTidentifiesnewfamilies25timesfasterthan all-versus-all BLAST. Once the first stage is completed, FastBLAST identifies homologs for the average query in less than 5seconds(8.6timesfasterthanBLAST)andgivesnearlyidenticalresults.Forhitsabove70bits,FastBLASTidentifies98%of thetop3,250hitsperquery. Conclusions/Significance:FastBLASTenablesresearchgroupsthatdonothavesupercomputerstoanalyzelargeprotein sequencedatasets.FastBLASTisopensourcesoftwareandisavailableat/fastblast. Citation: Price MN, Dehal PS, Arkin AP (2008) FastBLAST: Homology Relationships for Millions of Proteins. PLoS ONE 3(10): e3589. doi:10.1371/ journal.pone.0003589 Editor:CecileFairhead,Paste