Protein Diffusion in Mammalian Cell Cytoplasm 英文参考文献.docVIP

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2017-05-12 发布于上海
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Protein Diffusion in Mammalian Cell Cytoplasm 英文参考文献.doc

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Protein Diffusion in Mammalian Cell Cytoplasm 英文参考文献

ProteinDiffusioninMammalianCellCytoplasm ThomasKu¨hn1*.,TeemuO.Ihalainen2.,JariHyva¨luoma1,3,NicolasDross4,SamiF.Willman2,Jo¨rg Langowski4,MaijaVihinen-Ranta2,JussiTimonen 1 1NanoScienceCenter,DepartmentofPhysics,UniversityofJyva¨skyla¨,Jyva¨skyla¨,Finland,2NanoScienceCenter,DepartmentofBiology,UniversityofJyva¨skyla¨,Jyva¨skyla¨, Finland,3MTTAgrifoodResearchFinland,Jokioinen,Finland,4DivisionBiophysicsofMacromolecules,GermanCancerResearchCenter(DKFZ),Heidelberg,Germany Abstract Weintroduceanewmethodformesoscopicmodelingofproteindiffusioninanentirecell.Thismethodisbasedonthe constructionofathree-dimensionaldigitalmodelcellfromconfocalmicroscopydata.Themodelcellissegmentedintothe cytoplasm,nucleus,plasmamembrane,andnuclearenvelope,inwhichenvironmentproteinmotionismodeledbyfully numerical mesoscopic methods. Finer cellular structures that cannot be resolved with the imaging technique, which significantlyaffectproteinmotion,areaccountedforinthismethodbyassigninganeffective,position-dependentporosity tothecell.Thisporositycanalsobedeterminedbyconfocalmicroscopyusingtheequilibriumdistributionofanon-binding fluorescent protein. Distinction can now be made within this method between diffusion in the liquid phase of the cell (cytosol/nucleosol) and the cytoplasm/nucleoplasm. Here we applied the method to analyze fluorescence recovery after photobleach(FRAP)experimentsinwhichthediffusioncoefficientofafreely-diffusingmodelproteinwasdeterminedfor twodifferentcelllines,andtoexplainthecleardifferencetypicallyobservedbetweenconventionalFRAPresultsandthose offluorescencecorrelationspectroscopy(FCS).AlargedifferencewasfoundintheFRAPexperimentsbetweendiffusionin thecytoplasm/nucleoplasmandinthecytosol/nucleosol,forallofwhichthediffusioncoefficientsweredetermined.The cytosolresultswerefoundtobeinverygoodagreementwiththosebyFCS. Citation: Ku¨hn T, Ihalainen TO, Hyva¨luoma J, Dross N, Willman SF, et al. (2011) Protein Diffusion in Mammalian Cell Cytoplasm. PLoS ONE 6(8): e22962.