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计算机科学2006Voi．33No．1 计算科学的新领域 ：DNA计算 (I) 李 燕 (浙江师范大学信息科学与工程学院 金华 321004) 摘 要 DNA计算是应用分子生物技术进行计算的新方法。从理论上研究DNA计算方法，有利于推动理论计算科 学的发展。本系列文章应用形式语言及 自动机理论技术，系统地探讨 了DNA分子的可计算性及其计算能力。本文 主要介绍常用DNA分子操作方法，并根据DNA分子的结构及特点，给出了DNA分子的形式化描述 关键词 DNlA计算，DNA分子操作方法，形式化描述 ANewFieldofComputeScience：DNAComputing(I) IIYan (CollegeofInformationScienceandEngineering，ZheJiangNormalUniversity，Jinhua321004) Abstract DNA computingisanew methodforcomputationusingthetechnologyinmolecularbiology．Thestudyof DNA computingtheorywillbeofbenefittocomputingsciencetheory．Theseriespaperssystematicdiscussthecorn- putabilityandthecomputationalcapacityofDNAmolecularusingtheformallanguageandautomatatheory．Inthispa— per，wefocusoncommonDNA manipulation，andprovidetheformaldescriptionofDNA molecularbasedonit’s structureandcharacteristic． Ke~ ords DNA computing，DNAmolecularmanipulation。Forma1description 学者们的关注与兴趣 ]。本文主要介绍常用DNA分子操 1 引言 作方法，并根据 DNA分子的结构及特点，给出了DNA分子 DNA是一种高分子化合物，称为脱氧核糖核酸 Il(简称 的形式化描述，以便从理论上探讨 DNA分子计算。 为核苷酸)。DNA分子由不同的核苷酸排列而成，遗传信息 2 DNA分子的基本操作方法 就存在于其中。每一个构成DNA的核苷酸是由三部分组成 的：①一个脱氧核糖分子 s；②一个磷酸基团P；③一个含氮 常用DNA分子操作技术和生物酶 ，是处理 DNA分子的 碱基(A、丁、G、c)。脱氧核糖有5个碳原子，为了避免糖上的 基本工具箱。了解生物技术对 DNA信息链的操作处理能 碳与碱基上的碳相混淆，将糖上的碳编码为 1到 5。组成核 力 ，对于研究DNA计算方法是相 当重要的。下面主要介绍 苷酸的含氮碱基有四种，它们是腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧 几种常用的分子操作方法和生物酶_5]。 啶(C)、胸腺嘧啶(丁)。核苷酸可以通过两种不 同的方式连 2．1 DNA分子的长度及其测量方法 接；一种是磷酸二脂键的绑定，这种连接是有方向性的。磷酸 一 个单链 DNA分子的长度是组成分子的核苷酸单个碱 二脂键的连接是非常稳固的，除非用限制性内切酶进行切割 基的数量。例如，如果一个单链 DNA分子是由l6个核苷酸 才能断开。另一种是氢键绑定，氢键绑定比磷酸二脂键的绑 单体组成的聚合体，则称它为 16mer。一个双链 DNA分子的 定要弱，特别是单个碱基对之间的连接是非常弱的，它需要较 长度是指组成分子的核苷酸碱基对的