Evaluating the potential of a novel oral lesion exudate collection method coupled with mass spectrometry-based proteomics for oral cancer biomarker discovery.docVIP

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2017-05-16 发布于上海
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Evaluating the potential of a novel oral lesion exudate collection method coupled with mass spectrometry-based proteomics for oral cancer biomarker discovery.doc

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Evaluating the potential of a novel oral lesion exudate collection method coupled with mass spectrometry-based proteomics for oral cancer biomarker discovery

Koorenetal.ClinicalProteomics2011,8:13 /content/8/1/13 CLINICAL PROTEOMICS RESEARCH OpenAccess Evaluatingthepotentialofanovelorallesion exudatecollectionmethodcoupledwithmass spectrometry-basedproteomicsfororalcancer biomarkerdiscovery JoelAKooren1,NelsonLRhodus2,ChuanningTang1,PratikDJagtap3,BryanJHorrigan1andTimothyJGriffin1* *Correspondence:tgriffin@umn. Abstract edu 1DepartmentofBiochemistry, MolecularBiology,andBiophysics, UniversityofMinnesota,321 Introduction:EarlydiagnosisofOralSquamousCellCarcinoma(OSCC)increasesthe survivalrateoforalcancer.Forearlydiagnosis,molecularbiomarkerscontainedin ChurchStSE,6-155JacksonHall, Minneapolis,Minnesota,55455, USA Fulllistofauthorinformationis availableattheendofthearticle samplescollectednon-invasivelyanddirectlyfromat-riskoralpremalignantlesions (OPMLs)wouldbeideal. Methods:Inthispilotstudyweevaluatedthepotentialofanovelmethodusing commercialPerioPaperabsorbentstripsfornon-invasivecollectionoforallesion exudatematerialcoupledwithmassspectrometry-basedproteomicsfororalcancer biomarkerdiscovery. Results:Ourevaluationfocusedonthreecoreissues.First,usingan“on-strip” processingmethod,wefoundthatproteincanbeisolatedfromexudatesamplesin amountscompatiblewithlarge-scalemassspectrometry-basedproteomicanalysis. Second,wefoundthattheOPMLexudateproteomewasdistinctfromthatofwhole saliva,whilebeingsimilartotheOPMLepithelialcellproteome,demonstratingthe fidelityofourexudatecollectionmethod.Third,inaproof-of-principlestudy,we identifiednumerous,inflammation-associatedproteinsshowinganexpectedincrease inabundanceinOPMLexudatescomparedtohealthyoraltissueexudates.These resultsdemonstratethefeasibilityofidentifyingdifferentiallyabundantproteinsfrom exudatesamples,whichisessentialforbiomarkerdiscoverystudies. Conclusions:Collectively,ourfindingsdemonstratethatourexudatecollection methodcoupledwithmassspectrometry-basedproteomicshasgreatpotentialfor transformingOSCCbiomarkerdiscoveryandclinicaldiagnosticsassaydevelopment. Keywords:OralPre-