核酸结构的多样性(Nucleic Acid Structure Diversity).pptVIP

核酸结构的多样性(Nucleic Acid Structure Diversity) “核酸的结构和功能”是分子生物学、分子遗传学、生物医学和生物工程学等的主题之一。长期以来, 一直受到生物学界的高度重视。 人们已经认识到, 生物多样性在基础的层次上决定于遗传的多样性, 而作为遗传多样性基础的遗传物质(DNA或RNA)结构的多样性和功能的多样性, 则不仅是生物多样性基础的基础, 而且是生命活动的基础之一。 就DNA而言, 不仅揭示了它的A、B和Z型等双螺旋的多种不同构象的存在, 而且还发现了与传统的双螺旋截然不同的三链DNA、四链DNA结构。 即使是双链DNA, 也还有链状和环状等结构, 还可以形成松弛型、浓缩型、超浓缩型和花束型等不同拓扑形式的高级结构。 大量的研究表明, 核酸是动态分子, 可在不同的结构状态间变换, 亦即在不同的条件下, 核酸的分子结构可有所不同。 在生物系统中,影响或导致核酸结构多样性的因素很多,大致可以归纳为以下几点: 组成核苷酸链的核苷酸顺序。 核苷酸主链的静电相互作用和主链构象角。 碱基间的氢键相互作用、共平面相互作用和堆积相互作用,以及修饰碱基的影响。 精细结构。 大分子、小分子和金属离子等的影响。 溶剂。 在系统条件下,自组织和调节控制的作用。 遗传因素。 核酸分子的结构形态 单链核酸分子的结构形态 在活细胞中, 经转录生成的新生RNA分子除极个别者外, 是单股多核苷酸链, 其分子内部有部分碱基可通过配对而形成局部的小双链区, 并与其附近未配对的碱基(单链区)构成所谓的发夹式结构(hairpin structure)。 RNA是边形成边折叠的。 对于单链核酸分子的结构形态, 更复杂的情形是由于同聚核苷酸也能以单链螺旋的形式存在。 在溶液中,它们显示出一种局部有序的结构。 双链核酸分子的结构形态 双链核酸分子的结构形态可分为环状和线状两类。 细胞中的DNA通常是线状的, 即其2条主链都是有终端的。然而,有一些DNA(特别是许多病毒和细菌的DNA)则是环状的, 其2条主链都闭合成圈。 可以想象, 活细胞核里的DNA细长分子, 必然有非常复杂的弯曲、绞缠等几何现象。 在描述这类现象时应注意的是双螺旋的轴线（各个碱基对的中点所连成的线）的几何形状。 实验中观察到DNA的轴线本身通常也绞拧成螺旋状。环状DNA的轴线可以打结 。 生物化学家已经能确定环状双链DNA分子的环绕数和绞拧数。例如猴病毒SV40的环状DNA有5226个碱基对，其绞拧数≈-25。 大多数天然DNA的绞拧数都是负的，因而其超螺旋的样子像左旋的麻花。 在细胞中, DNA的结构形态最主要的是右手双螺旋及双螺旋基础上的超螺旋, 其它形态仅占很小的比例。 三链核酸分子的结构形态 根据构成三链DNA的结构单元不同, 可将它分为2种基本类型: 嘧啶-嘌呤-嘧啶型和嘌呤-嘌呤-嘧啶型。 它们在第3链的组成序列、各条链的相对方向、3条链的位置和碱基相互作用等方面都存在明显差别。 (1) 嘧啶-嘌呤-嘧啶类三链DNA 寡聚嘧啶以平行于Watson-Crick双螺旋嘌呤链的方向, 在双螺旋的大沟中,专一性地与双螺旋的嘌呤相结合。其专一性体现在T对A-T碱基对的识别(T·TA三碱基体), 以及质子化的C(C+)对G-C碱基对的识别(C+·GC三碱基体)。 (2) 嘌呤-嘌呤-嘧啶类三链DNA 富含嘌呤的寡聚脱氧核糖核酸以反平行于W-C双螺旋嘌呤链的方向, 在双螺旋的大沟中,专一性地与双螺旋的嘌呤链结合。其专一性体现在G对G-C的识别(G·GC三碱基体), 以及A对A-T对的识别(A·AT三碱基体)。 构成三链DNA结构的基础归纳起来是：由2条极性相反的单链脱氧核苷酸按互补的配对方式结合而形成的双螺旋, 沿大沟存在多余的氢键给体和受体, 这些暴露于周围环境的氢键给体和受体, 可和专一性的结合分子(如蛋白质等)发生相互作用,形成专一性的化合物; 也可以与双螺旋DNA分子结合形成三链DNA。 实际上, 正是由于双螺旋中大沟的存在为第3股DNA缠绕到双螺旋上形成三链DNA提供了结构基础。 分支的三链核酸复合物 在具有生物活性的单链核酸中, 三向接合(three-way junction)是最简单的和普遍存在的分支结构。例如大的核糖体RNA和锤头状催化RNA (hammerhead ribozyme)就含有三向接合结构。值得注意的是, 几乎所有锤头状催化RNA都有未配对的4个核苷酸, 它可由DNA类似物取代仍有酶活性。 三向接合看来具有构象柔性, 天然发生的三向接合中的未配对核苷酸是不变的, 它有稳定三向接合形成的作用。 四链核酸分子的结构形态 体外实验表明, 富G单链可形成多种稳