第3章+基因组测序与序列组装.pptVIP

毛细管电泳仪 DNA芯片测序 基本原理 将各种排列顺序的寡核苷酸点播在芯片上, 每个点播的寡核苷酸在排列的方阵中都有指定的位置.待检测的DNA分子与芯片温浴,凡是能杂交的寡核苷酸都会在确定位置发出信号,然后根据获取的信息将寡核苷酸的顺序进行对比组装,拼接成完全的DNA顺序. 利用基因芯片进行杂交测序的原理 4 序列的组装 4.1 随机测序与序列组装 随机测序也称”鸟枪法”. 序列组装原理:直接从已测序的小片段中寻找彼此重叠的测序克隆,然后依次向两侧邻接的序列延伸. 优点:不需预先了解任何基因组的情况. A B C A B C A B C A B C 小片段测序 计算机拼装 A B C 小片段测序 计算机拼装 鸟枪法(Shotgun)测序的问题 CAATGCATTA… …GCAGCCAATGC GAP 错装 实例:流感嗜血杆菌基因组的测序及顺序组装 超声波打断纯化的基因组DNA ↓ 琼脂糖电泳收集1.6～2.0Kb的区段、纯化 ↓ 构建到质粒载体中 ↓ 随机挑选19687个克隆,进行28643次测序,得到可读顺序为11 631 485 bp ↓ 组装成140个覆盖全基因组范围的独立的顺序重叠群, ↓ 各重叠群间仍有间隙 顺序间隙 物理间隙 载体或宿主菌 选用不当而被丢失的顺序 测序时遗漏的测序 解决办法:通过相邻已知顺序作为探针筛选已有的基因组文库 解决办法:利用其它宿主菌与载体重新构建文库 4.2 限制测序 限制测序：是指将一段染色体区段的DNA 顺序进行组装. 一些已绘制了遗传图与物理图的微生物基因组测序中也采用这一方法. 如高等植物拟南芥基因组的测序完全依据克隆重叠群,先进行各个BAC克隆的随机测序,再进行序列组装； 水稻基因组测序计划采取得策略与此相同. 4.3 指导测序与序列组装 建立在基因组图谱基础上的”鸟枪法”,即所谓”指导鸟枪法”或”指导测序”。 在人类基因组进入测序组装阶段就采用此方法，其基本步骤如下: A 构建平均为2Kb的人类基因组质粒文库,进行双向测序; B 构建平均10Kb的人类基因组质粒文库,进行双向测序,读取2个端部顺序; C 参考人类基因组图,特别是大量的STS位标作为基点,进行序列组装，排成重叠克隆群. 先将染色体打成比较大的片段(几十~几百Kb), 利用分子标记将这些大片段排成重叠的克隆群(Contig), 分别测序后拼装. 这种策略叫基于克隆群(contig-based)的策略. A B C A B C 大片段contig 小片段测序拼装 两种策略的比较 鸟枪法策略 指导测序策略 不需背景信息 构建克隆群 (遗传、物理图谱) 时间短 需要几年的时间 需要大型计算机 得到的是草图(Draft) 得到精细图谱 4.5 其他测序路线 重要区域优先测序 人们对感兴趣的基因或与疾病相关的基因优先测序. 如:人类主要组织相容性复合区位于第6号染色体,与人类免疫系统有关，因而优先测序. EST (Expressed sequence tag) 测序 EST是一种重要的基因组图分子标记,以EST为探针很容易从 cDNA文库中筛选全基因,又可从BAC克隆中找到其基因组的基因序列. 优点: A mRNA 可直接反转录成cDNA,而且cDNA文库也比较容易构建; B 对cDNA文库大量测序,即可获得大量EST的序列; C EST为基因的编码区,不包括内含子和基因间区域,一次测序的结果足以鉴定所代表的基因; 本章要点 链终止法测序 了解其他基因测序方法和基因拼接方法 问题 基因组序列所包含的全部遗传信息是什么？ 基因组作为一个整体如何行使其功能？ 用什么方法寻找基因，研究基因的功能呢？ 主要内容： 寻找基因 获取基因的全长cDNA序列 确定DNA顺序中基因的位置 研究基因的功能 基因表达 蛋白质组