现代微生物学03-微生物分子生态学.pptVIP

研究方向 生物冶金的三大关键问题 生物反应的 多样性 工艺参数与浸出过程 操作条件的多样性匹配 微生物多样 性及其功能 群落功能基因组学与种群优化调控 多相界面作用 浸出过程优化及多因素调控 电化学及溶液化学 矿区生态环境治理与修复 生物冶金的五大研究方向 生物冶金科学问题与研究方向 微生物个体的遗传特性与代谢调控 铁、硫氧化遗 传与代谢调控 抗性和耐极端 环境的基因 选育高效浸矿微生物菌种并使其优良性状高效表达 提高原生硫化矿浸出速率及浸出率 科学问题一：浸矿微生物生态规律、遗传及代谢调控机制 微生物群体的相互作用与变化 微生物群落 演替规律 微生物种群 多样性与相互作用 973一期微生物学研究内容 纯菌DNA 16S rRNA 功能基因 群落 基因组芯片 16S 基因芯片 功能 基因芯片 冶金微生物群落 组成与结构分析 冶金微生物群落 功能解析 冶金微生物群落 结构与功能解析 传统的、分离培养为基础的方法：对象少（1%）、偏差大（培养难易）。 16S rRNA 分析方法： 反映进化，不反映功能。 应用多种芯片，特别是功能基因芯片，同时分析微生物的群落结构与功能。 ● ● ● 种群 多样性 系统发育 多样性 功能 多样性 2. 研究方案 sampling DNA ext. PCR-gene Cloning PCR-TA RFLP sequencing DNA pur. Microarray Genbank 3. 技术路线 浸矿微生物种群协同作用及其优化调控 不同微生物之间是如何共同起作用的？ 不同菌种如何组合发挥增效作用？ 明确了浸矿微生物的多样性与发布规律 前期成果 建立高效菌株检测标准并选育了优良菌种 浸矿微生物种群协同作用机理 浸矿微生物种群组合的优化调控 973二期期微生物学研究内容 总体方案 协同作用的环境机制 协同作用的代谢机制 基因组转录组水平机制 种群稳定性与外来物种引入的分子机制 浸矿微生物协同作用机理 浸矿微生物合理复配理论 优化与调控种群组合 Hi 下课了！ * AFLP的操作程序 AFLP的优点 (1)可用于大小不同的基因组的指纹分析，为研究物种间的亲缘关系尤其是原核生物属以下乃至菌株间提供了一个有效的手段; (2)具有一定的灵活性，可通过特异性PCR引物的设计和内切酶组合的选择，去调整AFLP图谱中限制性片段的适宜数目； (3)由于使用了严格的PCR条件和高分辨率的聚丙烯酞胺凝胶电泳，因而重复性好，分辨率高; (4) AFLP不仅是个简单的指纹技术，而且可作为连 接遗传图谱与物理图谱间的桥梁而用于基因组的研究。 其原理与RFLP法相似，只是PCR中所用引物一端或两端带有标记，因此酶切所得的末端片段被标记，电泳后通常只分析此末端片段的种类、长度与数量。优点：由于酶切片段中仅有末端片段长度被测定，每一种长度的末端片段至少代表一种微生物基因型，因此可以直接给出对群落中微生物种群数的最小估计值。缺点：由于仅有末端片段长度被分析，获得的信息较少，不足以分析非常复杂的微生物群落，如土壤微生物群落，因为多种微生物的酶切末端片段长度可能相同，造成对物种丰度的估计过低。 （4）末端限制片段长度多态性(Ｔ－ＲＦＬＰ) 末端限制性片段技术基本过程 基本原理: 在不知道或不考虑模板基因序列的情况下,利用随意设计的非特异引物。在不严格的ＰＣＲ条件下(低退火温度)使随机引物与模板ＤＮＡ序列互补结合后,经Ｔａｑ聚合酶的作用使引物延伸,在两个扩增引物之间释放的ＤＮＡ片段再经ＰＣＲ扩增,很快达到相当的数量,并能在琼脂糖电泳中出现明显的谱带。数个循环后,终产物电泳后得到ＤＮＡ指纹图谱,通过图谱间的比较即可将差异区分开。 （5）随机扩增DNA多态性分析(Random Amplified Polymorphic DNA，RAPD) 优点: （1）不需要了解要扩增基因的碱序列,尤其适于那些序列还不清楚的基因; （2）引物的碱基少,合成迅速; （3）操作简便,结果直观; （4）区分能力强,可借助不同长度的引物扩增,以加强其区分能力； （5）而且能够扩增整个基因组ＤＮＡ,所以它比ＲＦＬＰ分析更好地代表基因组特性。 缺点 （1）重复性差：不各种因素易引起结果的不确定性,如模板ＤＮＡ的质与量、ＭｇＣｌ2的浓度、引物等方面的差异可以造成不同模式； （2）结果的可比性不强：从这些谱带中,很难获得系统发育信息; 改进: 1)制定统一引物筛选原则； 2)严格控制实验条件,提高结果的可比性; 3)根据鉴别能力和鉴别要求(如不同属间,种间,株间,型间的差异)的不同,选取不同的引物; 4)ＲＡＰＤ产