从水稻基因组序列中挖掘生物信息.pdfVIP

维普资讯 浙江大学学报 (农业与生命科学版) 31(4)：355～361，2005 JournalofZhejiangUniversity(Agric． LifeSei．) 文章编号 ：1008—9209(2005)04—0355—07 从水稻基 因组序列 中挖掘生物信息 樊龙江 。 郭 兴益 (1浙 江大学 作物科学研究所 ，浙江 杭州 310029 2浙江大学 生物信息学研究所，浙江 杭州 310029) 摘 要 ：重点介绍 了在水稻基 因组序列分析方面取得 的几项最新研 究结果．内容主要 包括 ：水稻基 因 组被证实曾发生过全基 因组倍增 ；水稻基 因组大小变化 的趋势 ；水稻籼粳亚种的分化 时间比以前估计 的 100万年前要迟得 多 ；对水稻基 因产生GC含量 负梯度现象的解释 ． 关 键 词 ：水稻基 因组 ；全基因组倍增 ；籼粳 分化 时间 ；基 因组 大小；GC含 量梯度 ；综述 中图分类号 ：Q78 文献标识码 ：A FAN Long—jiang一，GUO Xing—yi (1．Instituteof Crop Science，Zhejiang University，Hangzhou 310029，China 2．InstituteofBD”l厂0r nffs，Zh iangUniversity，Hangzhou310029，China) Dataminingofricegenome．JournalofZhejiangUniversity(Agric． LifeSci．)，2005，31(4)：355—361 Abstract：In thisreview，wefocuson fourrecentadvancesin ricegenomeanalysis：an wholegenome duplicationwhichisbelievedtOoccurinricegenome；evolutionofricegenomesize；theindica~japonic divergencethatwaslikelytOoccurlaterthanthepreviousestimateof1millionyearsago；hypothesisfor GC compositionalgradientsinricegenes． Keywords：ricegenome；wholegenomeduplication；indiccrjaponicdivergenttime；genomesize；GC compositionalgradient；review 水稻是第一个被全基因组测序的作物 ．共 本文结合我们 自身的一些研究工作 ，重点介绍 有 2个水稻亚种被测序 ，一个是粳稻 品种 日本 了近年来在水稻基因组序列分析中获得的几项 晴分别通 过全基 因组 鸟枪法 和逐 步克隆方 最新 的研究结果． 法 [2-4]测序 ，另一个是籼稻品种 “9311”通过全 基因组鸟枪法测序 ]．除了核基因组外 ，水稻 的 1 现代的二倍体，古老 的多倍体 叶绿体基 因组序列早在 15年前就 已测序完 成_l6]，同时 ，其线粒体基 因组最近 也被测序 2004年水稻基因组研究 的一个重要进展 ， 完成 ． 是获得清晰的证据表 明水稻基因组 曾发生过全 在获得基因组序列后，一项艰 巨的研究任 基因组倍增．Paterson等 、Guyot等嘲和我 务是如何从巨量的水稻基 因组序列 中挖掘出潜 们 的研究结果也一致表 明，在禾本科作物 藏的遗传事件、进化机制等重要生物信息．为此