染色质三维结构重建与其生物学意义.pdf

中国科学: 生命科学 2014 年 第44 卷 第8 期: 794 ~ 802 SCIENTIA SINICA Vitae SCIENCE CHINA PRESS 评 述 中国知名大学及研究院所专栏 作物遗传改良国家重点实验室专辑 染色质三维结构重建及其生物学意义 † † * * 彭城, 李国亮, 张红雨, 阮一骏 华中农业大学生命科学技术学院, 作物遗传改良国家重点实验室, 武汉 430070 † 同等贡献 * 联系人, E-mail: zhy630@; yijun.ruan@ 收稿日期: 2014-05-10; 接受日期: 2014-06-15 国家自然科学基金青年科学基金(批准号:、作物遗传改良国家重点实验室开放课题(批准号: ZK201406)和中央高校基本科研业 务费专项资金(批准号: 2662014PY001)资助项目 doi: 10.1360/052014-108 摘要 真核生物的基因组在细胞核中以染色质的形式存在, 染色质的功能与它的三维 关键词 结构紧密相关, 例如, 基因组的复制、转录、调控、DNA 突变、长链非编码RNA 的传 染色质三维结构建模 3C 播和胚胎发育等生物功能都是在细胞核的三维空间中完成的. 随着染色体构象捕获及其 Hi-C 衍生技术与高通量测序技术的结合, 产生了大量的染色质交互作用数据. 根据这些染色 ChIA-PET 质交互作用数据, 研究人员已经提出很多种方法来重建染色质的三维结构. 这些方法有 染色质结构 助于在不同分辨率下系统地研究染色质的三维结构, 为更好地了解染色质的调控功能提 染色质功能 供了结构依据. 本文总结了近期染色质三维结构建模方法的进展, 并探讨了其在研究染 色质生物学功能方面的应用. 真核生物的基因组在细胞核内以染色质的形式 强子) 的调控. 研究表明, 这些基因组线性距离远的 存在, 其中染色质是由DNA 、组蛋白、非组蛋白和少 增强子需要在三维空间中与目标基因进行物理接触, 量RNA 组成的复合物, 其基本单位是核小体, 是遗传 来启动相应的生物功能[2~4]. Ⅱ型RNA 聚合酶(RNA 信息和表观遗传信息的载体. 随着人类基因组调控元 polymerase Ⅱ, RNAP Ⅱ/Pol2)参与的染色质远程交互 件百科全书计划(encyclopedia of DNA elements, 数据展示了增强子-启动子之间和启动子-启动子之间 ENCODE) 的进行, 研究人员根据转录因子的结合位 的交互作用在基因转录中的调控作用[4~6]. 另外, 遗传 点和染色质的状态, 发现了大量的调控元件[1] 事件, 如DNA 突变[7,8] [9] . 其中 和染色体易位 , 也受染色质高 很大一部分的调控元件处在远离基因的区域, 很难确 级结构的影响. 在细胞功能方面, 与封闭的染色质结 定它们的目标基因. 一个假设是, 这些调控元件通过 构域相比, 开放染色质结构域通常会在细胞分裂间期 空间的交互作用, 控制距离它们很远的基因. 要正确