TCF3-PBX1阳性急性淋巴细胞白血病相关基因的筛选及生物信息学分析.pdf

376 重庆医学 2017年 1月第 46卷第3期 · 生物信息学 · doi：10．3969／j．issn．1671—8348．2017．03．028 TCF3-PBX1阳性急性淋 巴细胞 白血病相关基 因的 筛选及生物信息学分析 郑积富 ，陈丽娜 。，华建媛 ，李振江 ，石庆之 。 (1．南昌大学第二附属 医院血液 内科 ，南昌330006；2．南昌大学血液重点实验室，南昌330006； 3．南昌大学研 究生院医学部 ，南昌330006) [摘要] 目的 研究比较 TCF3一PBX1阳性和阴性急性淋巴细胞 白血病基因表达的差异，并寻找在特定类型 白血病的发生、 发展过程 中起重要作用的基 因，为临床诊疗提供新思路 。方法 在公共基 因芯片数据库 GE0 中下载 GSEl1877数据集，利用 R 编程语言，应用贝叶斯检验和倍 比法(foldchange)筛选差异表达基 因(gt正P0．05，并且log(fold s2)。利用DAVID数据库 进行生物学过程功能富集分析。结果 共获得 207个数据集，其中TCF3一PBX1阳性组 23个，阴性组 184个，最终汇总获取 2890 个基因的表达水平，其中27个符合条件的差异基因被选 出，这些基羁的功能大致分为细胞骨架结构、细胞信号转导、转录调控、细 胞黏 附、细胞凋亡等 。功能富集分析显示BANK1、GAB1、ZAP70等 8个基 因在 TCF3一PBX1阳性 白血病发生、发展过程 中可能起 到关键作用。结论 利用生物信息学方法能有效分析基 因芯片数据并获取生物 内在信息，TCF3一PBx1阳性 白血病的发生是 由于 多种基因表达改变所致，为确定其早期诊断标志与新治疗靶位提供了新的思路。 [关键词] 急性淋 巴细胞 白血病 ；TCF3一PBX1；R编程语言；基 因芯片；生物信息学 [中图分类号] R557．4 [文献标识码] A [文章编号] 1671—8348(2017)03—0376—04 ScreeningforTCF3／PBX1positiveacutelymphoblasticleukemia-relatedgenesandtheirbioinformaticsanalysis ZhengJifu ，ChenLina’ ，HuaJianyuan ，LiZhenjiang’ ，ShiQingzhi’ (1．DepartmentofHematology，SecondAffiliatedHospital，NanchangUniversity，Nanchang，Jiangxi330006，China； 2．KeyLaboratoryofExperimentalHematology，Nanchang，Jiangxi330006，China； 3．DepartmentofMedicine，GraduateSchool，NanchangUniversity，Nanchang，Jiangxi330006，China) [Abstract] 0hiective TostudyandcomparethedifferencesofTCF3一PBX1p6sitiveandnegativeacutelymphoblasticleuke— miageneexpressionandtoseekthegeneforplayinganimportantroleinthedevelopmentandprogressionprocessofspecifictype leukemiainordertoprovideanew ideaforclinicaldiagnosisandtreatment．Methods MicroarraydatasetGSE11877wasdown— loadedfrom thepublicGeneChipsdatabaseGEO．Differentialexpression geneswerescreened byusing th