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生物信息学平台介绍 张新宇 真菌学国家重点实验室 中国科学院微生物研究所 NGS ：生物信息学的挑战 Stein, L. D. (2010). The case for cloud computing in genome informatics. Genome Biol 11(5): 207. 世界测序仪分布 There are 2148 total machines listed in the database. United States: 879; China: 200 /stats 已测序基因组 NGS technique Human genome draft The number of completely sequenced genomes by years. Doctoral Thesis / Dissertation, Improvement of ab initio methods of gene prediction in genomic and metagenomic sequences. 2010 高通量数据分析对实验室的挑战 • 数据管理 • 数据解读 • 分析策略设计 • 分析方法选择 • 需要编程序？ • 键盘上的Linux 生物信息学平台硬件 曙光高性能计算集群系统 • 集群系统共包含632个2.4GHz 计算核心， 60T 硬盘 2124G内存，≥5900000000000/秒 浮点运算 用于大规模计算任务 • 2台胖计算节点EP440-G (分别配置64CPU ， 512G和48CPU ，256G 内存) 用于高性能单机计算 • 1台GPU计算服务器 用于适合GPU的辅助计算 • 1台管理服务器A620r-G 用于集群系统管理 DELL R710网络服务器 用于提供网络接口和internet服务 总投资：215万元 NGS数据分析策略 •…… •Phylogenetic -tree •Homology 1. Functional •Genome- 3. System features genomics •Bio-function biology •Annotation •Assembly •QC NGS •Genomics data H