螺旋网--生物软件Editseq的使用.pdf

生物软件DNASTAR 教程之Editseq 使用    Editseq 是一个非常常用的软件，但是我相信很多朋友都没有真正利 用好这个工具（哈哈包括我在内），今天我就此软件的使用做一个简 单的介绍，有未尽之处，请大家指正。    软件使用DNASTAR7.1   论坛下载链接：/read.php?tid=33   注意：VISTA 系统安装破解补丁时，请给当前用户一个完全控制 lasergene 的权限或者关闭UAC，否则不能正常破解。    我以TA 克隆测序结果为例简单介绍一下使用方法，为了方便下载了 一个网上序列以小写字母表示（直接以信号肽开始，为了更清楚的介 绍我将其反向互补了），载体序列为大写字母：    1. 打开序列    在这里我们可以选择打开的位置也就是下面可见的“set ends ”选 项，这里我设置打开起点为50，终点为1000    Length 为1094bp，打开的范围内951，之后打开就OK 了。    文档打开了，只是set ends 功能不是很实用，了解一下就OK 了， 另外，set ends 中还有两个选项，自己研究一下吧……  2. Search 和goodies‐‐ reverse complement 选项：  载体是PMD19‐T ，接头序列为gacgatt/atctct 或agagatt/atcgtcgac， 我们先查找 agagatt （当然这里最好的是查找引物序列，不过很多 时候为了方便就这样查找了）    我们找到了gacgatt 这个接头序列，但是后面接的不是我们的信号 肽啊，现在我们先不找另外一端接头了，全选所有序列，然后利 用“goodies‐‐‐‐reverse complement ”选项实现反向互补    然后再寻找接头序列“gacgatt ”      后面的就是我们的序列了  3. FIND ORF 和goodies‐‐‐translation 选项：  现在我们可以将载体序列去掉了在我们的插入序列中寻找 ORF 。 在这里我没有去掉载体序列，黑色选中的就是插入的ORF 了。    这里我们可以将其翻译成蛋白质序列    右侧就是翻译出来的蛋白质序列了。这里面我们可以选择不同的 基因编码方式，比如脊椎动物线粒体植物线粒体等，选中之后再 翻译就OK 了。  当然这里用的是NCBI 里面Down 的序列，开放阅读框是确定的了， 有的时候（如随机筛选 cDNA 克隆）一些序列 ORF 不确定，就需 要在/tools/dna.html 中翻译了，网站可以提 供六种读码框（正反向各三种）。  4. Blast 及bl