基因表达数据在邻域关系中的特征选择.PDFVIP

第９卷第２期　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 智　 能　 系　 统　 学　 报　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 Ｖｏｌ．９ №．２ ２０１４年４月　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ＣＡＡＩ Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ ｏｎ Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔ Ｓｙｓｔｅｍｓ　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 Ａｐｒ． ２０１４ ＤＯＩ：１０．３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７３⁃４７８５．２０１３０７０１４ 网络出版地址：ｈｔｔｐ：／ ／ ｗｗｗ．ｃｎｋｉ．ｎｅｔ／ ｋｃｍｓ／ ｄｏｉ／ ＣＮＫＩ：２３⁃１５３８／ ＴＰ１２０２．００６．ｈｔｍｌ 基因表达数据在邻域关系中的特征选择 １ １ ２ 陈玉明 ，吴克寿 ，李向军 （１． 厦门理工学院计算机科学与技术系，福建 厦门３６１０２４；２． 南昌大学计算机科学与技术系，江西 南昌３３００３１） 摘　 要：基因特征选择是基因表达数据分析中的一种重要方法。 粗糙集是一种处理不确定性、不一致性、不精确性 数据的有效分类工具，其特点是保持基因表达数据集的分类能力不变，进行基因特征选择。 为了避免传统粗糙集特 征选择方法所必需的离散化过程带来的信息损失，将邻域粗糙集特征选择方法应用于基因的特征选取，提出了基于 邻域粗糙集的基因选择方法。 该方法从所有特征出发，根据特征重要度逐步删除冗余的特征，最后得到关键特征组 进行分类研究。 在２个标准的基因表达数据集上进行特征选取，并进行了分类实验，实验结果表明该方法是有效可 行的。 关键词：粗糙集；邻域关系；基因表达数据；特征选择；分类 中图分类号：ＴＰ３９１　 文献标志码：Ａ　 文章编号：１６７３⁃４７８５（２０１４）０２⁃０２１０⁃０４ 中文引用格式：陈玉明，吴克寿，李向军． 基因表达数据在邻域关系中的特征选择［Ｊ］． 智能系统学报，２０１４，９（２）：２１０⁃２１３． 英文引用格式：ＣＨＥＮ Ｙｕｍｉｎｇ，ＷＵ Ｋｅｓｈｏｕ，ＬＩ Ｘｉａｎｇｊｕｎ． Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ｆｅａｔｕｒｅ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｎｅｉｇｈｂｏｒｈｏｏｄ ｒｅｌａｔｉｏｎ［Ｊ］． ＣＡＡＩ Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ ｏｎ Ｉｎｔｅｌｌｉｇｅｎｔ Ｓｙｓｔｅｍｓ，２０１４，９（２）：２０９⁃２１２． Ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ｆｅａｔｕｒｅ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｎｅｉｇｈｂｏｒｈｏｏｄ ｒｅｌａｔｉｏｎ １ １ ２ ＣＨＥＮ Ｙｕｍｉｎｇ ，ＷＵ Ｋｅｓｈｏｕ ，ＬＩ Ｘｉａｎｇｊｕｎ （１． Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｘｉａｍｅｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｘｉａｍｅｎ ３６１０２４，Ｃｈｉｎａ；２． Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｎａｎｃｈａｎｇ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｎａｎｃｈａｎｇ ３３００３１，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｅ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｇｅｎｅ ｆｅａｔｕｒｅ ｉｓ ａ ｋｅｙ ｐｒｏｃｅｄｕｒｅ ｆｏｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ． Ｔｈｅ ｒｏｕｇｈ ｓｅｔ ｔｈｅｏｒｙ ｉｓａｎ ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｔｏｏｌ ｔｏ ｄｅａｌｗｉｔｈ ｕｎｃｅｒｔａｉｎ，ｉｎｃｏｎｓｉｓｔｅｎｔ ａｎｄ ｉｎａｃｃｕｒａｔｅ ｇｅｎｅ ｄａｔａ． Ｏｎｅ ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅｒｏｕｇｈ ｓｅｔｔｈｅｏｒｙ ｉｓｔｈｅｌａｃｋｏｆ ｅｆｆｅｃｔｉｖｅｍｅｔｈｏｄｓｆｏｒｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇｒｅａｌｖａｌｕｅｄｄａｔａ． Ｈｏｗｅｖｅｒ，ｇｅｎｅｅｘ⁃ ｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ ｓｅｔｓ ａｒｅ ａｌｗａｙｓｃｏｎｔｉｎｕｏｕｓ． Ｄｉｓｃｒｅｔｅ ｍｅｔｈｏｄｓｃａｎｒｅｓｕｌｔ ｉｎ