蛋白质分子人工进化在合成生物学中的作用.pdfVIP

2009.25（增刊） 生物物理学报 《系统生物学与合成生物学》专题报告 致谢：国家自然科学基金项目(No. 参考文献： [1] Bentley, S. D, K. F. Chater, A. M. Cerdeno-Tarraga, G. L. Challis, N. R. Thomson, K. D. James, D. E. Harris, M. A. Quail, H. Kieser, D. Harper, A. Bateman, S. Brown, G. Chandra, C. W. Chen, M. Collins, A. Cronin, A. Fraser, A. Goble, J. Hidalgo, T. Hornsby, S. Howarth, C. H. Huang, T. Kieser, L. Larke, L. Murphy, K. Oliver, S. ONeil, E. Rabbinowitsch, M. A. Rajandream, K. Rutherford, S. Rutter, K. Seeger, D. Saunders, S. Sharp, R. Squares, S. Squares, K. Taylor, T. Warren, A. Wietzorrek, J. Woodward, B. G. Barrell, J. Parkhill, and D. A. Hopwood. 2002. Complete genome sequence of the model actinomycete Streptomyces coelicolor A3(2). Nature 417:141-147. 生物信息学与系统生物学在植物抗旱研究中的应用 S1-7 钟扬 复旦大学生命科学学院/上海生物信息技术研究中心 ( yangzhong@fudan.edu.cn) 植物抗旱研究是一个具有重要理论意义和应用前景的领域。近年来，我们尝试将生 物信息学和系统生物学方法应用于该领域。通过 QTL 和基因表达信息的数据挖掘，建 立了预测植物抗旱相关基因和表达序列标签（EST ）的数据库系统PlantQTL-GE ；基于 代谢动态流平衡分析方法，对 C3 植物叶绿体光合作用代谢系统进行了简化重建，研究 了 C3 植物叶绿体光合作用代谢网络在缺水扰动下的动力学特征，并探讨了在干旱与正 常条件下不同代谢通路间的协同性。这里，我们将介绍该领域系统生物学建模和计算机 模拟的基本原理以及实践中需要考虑的因素。 蛋白质分子人工进化在合成生物学中的作用 S1-8 杭海英 中国科学院生物物理研究所 (hh91@ibp.ac.cn) 合成生物学的实质在于利用、改造、乃至重新制造生物元件，并通过组装、构建成 新的生物系统。由于“生物元件（如蛋白质）”异常多样化和微细的特征，直接通过理 性的“元件设计→制造→系统组装”的类似于机械、电子系统的研发、生产方式在绝大 多数情况下是不可能的。蛋白质发挥功能的分子机制是特异相互作用、构象变化及特异 相互作用与构象变化的耦联。不同蛋白质有不同的特异相互作用、构象变化及特异相互 作用与构象变化的耦联，是通过数百万、千万、乃至亿年的漫长生物进化形成的。通过 “加速的人工进化”是改造和重新制造蛋白质元件的合理途径。我们构建了基于大肠杆 菌和人细胞的单细胞定量快速蛋白质分子进化技术平台。该大肠杆菌人工进化技术可用 于生成抗人细胞表面原位特异抗原的抗体；而人细胞人工进化技术具有如下特征：（1） 被筛选的目的蛋白质基因可发生随机突变，形成基因库；（2 ）用人细胞合成的人蛋白质 具有优良的折叠和适当的翻译后修饰；（3 ）基于单细胞的功能分选，是目前已知的最快 的功能筛选策略。 -12-