鸭MyoG基因启动子的生物信息学分析及其+甲基化频率对基因表达的影响.pdfVIP

湖南农业大学学报(自然科学版) 2017, 43(2):187–194. DOI:10.13331/ki.jhau.2017.02.014 Journal of Hunan Agricultural University (Natural Sciences) 投稿网址： 鸭 MyoG 基因启动子的生物信息学分析及其 甲基化频率对基因表达的影响 * 吴乾锋，刘贺贺 ，张涛，罗俊，胡博，王继文 (四川农业大学动物遗传育种研究所，四川 温江 611130) 摘 要：采用 RT–PCR 技术扩增和克隆鸭 MyoG 基因启动子，并对其启动子序列进行生物信息学分析，采用 Sequenom MassArray 技术检测 CpG 岛在鸭肌肉组织中的甲基化水平，用 qRT–PCR 检测 MyoG 基因的表达量。结 果表明，扩增得到鸭 MyoG 基因启动子序列 2 730 bp，对启动子序列预测后，发现存在 2 个 CpG 岛，其中 CpG 岛(–2 536～–1 997 bp)存在 5 个转录因子结合位点和多个真核生物结构元件。甲基化检测结果表明：在鸭的个体 和组织水平上，启动子甲基化率均未聚类在一起；CpG 位点甲基化频率存在个体差异，22% CpG 位点的甲基化频 率与 MyoG 的 mRNA 表达量呈负相关(P0.05)，78% CpG 位点的甲基化频率呈正相关(P0.05)，其中，腿肌甲基 化位点 CpG_1、CpG_9 的甲基化频率与 MyoG 基因表达水平均呈显著相关(P0.05)。MyoG 基因在鸭与在 哺乳动物中的转录调控机制存在差异。试验中发现多个影响鸭 MyoG 基因转录的潜在甲基化位点，其中 CpG_1 与 CpG_9 能通过 DNA 甲基化修饰影响 MyoG 基因在鸭腿肌中的转录。本研究结果可为鸭 MyoG 基因转录调 控提供参考依据。 关 键 词：鸭；肌细胞生成素；启动子；DNA 甲基化 中图分类号：S834.2 文献标志码：A 文章编号：1007− 1032(2017)02−0187−08 Bioinformatics analysis on cloned promoter MyoG in duck, and the influence of its methylation levels on gene transcription * WU Qianfeng, LIU Hehe , ZHANG Tao, LUO Jun, HU Bo, WANG Jiwen (Institute of Animal Genetics and Breeding, Sichuan Agricultural University, Wenjiang, Sichuan 611130) Abstract: Promoter sequence of gene MyoG in duck was amplified and cloned using RT–PCR, and its bioinformatic info was analyzed as well; the methylation level in CpG island (from –2 536 to –1 997 bp) of promoter MyoG in muscle tissues was detected usin