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生物信息数据库及生物软件的应用 现代分子生物学大实验 什么是生物信息学？ 生物信息学的概念 Genome informatics is a scientific discipline that encompasses all aspects of genome information acquisition, processing, storage, distribution, analysis, and interpretation. 它是一个学科领域，包含着基因组信息的获取、处理、存储、分配 、分析和解释的所有方面。 (The U.S. Human Genome Project: The First Five Years FY 1991-1995, by NIH and DOE) 生物信息学的发展历程 生物信息学自诞生以来，经历了三个阶段： 基因组前期的生物信息学：主要是序列分析、数据库的查询、计算机操作和PC的应用； 基因组年代的生物信息学：主要是基因的寻找、数据与数据之间的比较、网络相互界面（Interface）； 后基因组年代的生物信息学：主要是数据的挖掘、表达、数据多样性的分析、相互交叉数据分布的总结与分析。其研究的内容不仅包括基因的查寻和同源性分析；而且进一步到基因和基因组的功能分析，即所谓的功能基因组学研究。 生物信息学包含的几个例子 Database interfaces Genbank/EMBL/DDBJ, Medline, SwissProt, PDB, … Sequence alignment BLAST, FASTA Multiple sequence alignment Clustal, MultAlin, DiAlign Gene finding Genscan, GenomeScan, GeneMark, GRAIL Protein Domain analysis and identification pfam, BLOCKS, ProDom, Pattern Identification/Characterization Gibbs Sampler, AlignACE, MEME Protein Folding prediction PredictProtein, SwissModeler 实验目的 掌握生物信息数据库的相关用途 应用生物信息学的一些工具进行初步的生物信息分析 运用Primer Primier 5进行引物设计 实验主要内容 分子生物学数据库：掌握数据库的种类、功能，文献查找方法 序列比对：掌握分序列比对的方法，使用至少一种序列比对软件。 相似序列的数据库搜索：掌握NCBI中几种基本局部序列比对方法及几种单机软件的使用方法（Blastn；Blastp；Blastx；tBlastn）。 生物信息学单机软件介绍：Primer Primier 5 国际权威数据库 欧洲分子生物学实验室 EMBL( European Molecular Biology Laboratory ) 美国生物技术信息中心 NCBI (National Center for Biotechnology Information ) 日本遗传研究所 DDBJ (DNA Data Bank of Japan ) The Canadian Bioinformatics Resource http://www.cbr.nrc.ca/ SwissProt/ExPASy (Swiss Bioinformatics Resource) http://expasy.cbr.nrc.ca/sprot/ PDB (The Protein Databank) /PDB 国际权威数据库 常用数据库 蛋白质数据库 SWISS-PROT TrEMBL (translation of EMBL) PIR (Promoter information resource) PRF （Promoter research foundation） PDBSTR （Re-organized Protein data Bank）Prosite 结构数据库 PDB (Protein Data Bank) NDB (Nucleic Acid Database) DNA-bind Protein databaseswiss-3D IMAGE 酶和代谢数据库KEGG （Kyoto Eneyclopedin of genes genemes） PKR (Protein Kinase R