苯磺酰胺从碳酸酐酶Ⅱ中脱离过程的分子动力学模拟.pdfVIP

物理化学学~ (WuliHuaxueXuebao) April ActaPhys．一Chim．Sin．2013，29(4)，843-848 [Article】 doi：10．3866／PKU．WHXB201301183 www．whxb．pku．edu．ca 苯磺酰胺从碳酸酐酶lI中脱离过程的分子动力学模拟 孙维琦 张继龙 郑清川 ， 孙志伟 · 张红星 (吉林大学公共卫生学院，长春 130021； 吉林大学理论化学研究所，理论化学计算国家重点实验室，长春 130023； 北华大学公共卫生学院，吉林 吉林 132013； 首都医科大学公共卫生与家庭医学院，北京100069) 摘要：综合运用分子动力学模拟和自由能计算方法研究了苯磺酰胺分子从碳酸酐酶lJ(CAii)的活性位点脱离 过程中底物与酶之间的动态相互作用．脱离过程的平均力势(PMF)显示，底物脱离时存在一个特殊的结合状 态．其中，静电相互作用占据 了主导地位．轨迹分析显示，除了金属离子的配位作用之外，底物脱离路径上的关 键残基Leul98、Thrl99和Thr200通过与底物磺胺基的氢键作用阻碍了底物从酶中的脱离．当前的研究对于深 入认识磺胺类药物与CAIl的详细结合过程和相关的药物改良与设计具有重要的指导意义． 关键词：分子动力学模拟： 自由能： 苯磺酰胺：碳酸酐酶 II：底物结合 中图分类号：O641 MolecularDynamicsSimulationsoftheUnbindingof Phenylsulfonamidefrom CarbonicAnhydraseII SUNWej．Qi。 ZHANGJi．Long ZHENGQing-Chuan， SUNZhi．Wei’ ZHANG Hong．Xing (SchoolofPublicHealth，JilinUniversity,Changchun130021，PR．China； StateKeyLaboratoryofTheoreticaland ComputationalChemistry,InstituteofTheoreticalChemistry,JilinUniversity,Changchun130023，PR．China； SchoolofPublicHealth,BeihuaUniversity,Jilin132013，Ji，inProvincePR．China；SchoolofPublicHealthand Fami~Medicine,CapitalMedicalUniversiyt,BejiingJ00069,PR．China) Abstract： Moleculardynamics (MD)simulations and free energy calculationswere integrated to investigate substrate—enzyme dynamic interactions during the unbinding ofphenylsulfonamide frOm carbonicanhydrasell(CAlI)．ThepotentiaIofmeanforce(PMF)alongtheunbindingpathwayshowsthata specialligand-bindingstateexists．andtheelectrostaticinteractiondominatestheligandSbindingwithCA I1．Theanalysisoftrajectoriesrevealsthat，apartfr0m thezincion。thekeyresiduesintheunbinding pathway，Leu