羟基自由基和鸟嘌呤-胞嘧啶碱基对反应的密度泛函理论研究.pdfVIP

物理化学学报(WuliHuaxueXuebao) June ActaP ．一Chim．Sin．2015，31(6)，1007-1014 1007 C【ommunication】 doi：10．3866／PKU．WHXB201504171 WWW．whxb．pku．edu．cn 羟基 自由基和鸟嘌呤-胞嘧啶碱基对反应的密度泛函理论研究 李敏杰’ 刁 玲 寇 莉 李重杲 陆文聪 (上海大学化学系，创新药物研究中心，上海200444) 摘要： 为了解决年龄衰老、基因突变和癌症等问题，理解DNA的氧化损伤机理非常重要．本文利用密度泛函方 法和极化连续介质模型在液相条件下研究了羟基 自由基夺取鸟嘌呤一胞嘧啶(GC)碱基对上5个氢原子的反应 机理．研究结果表明。所有的脱氢反应路径都是放热过程，热力学上五个脱氢反应路径形成 自由基的稳定性顺 序是 (H2bGC)‘(GC-H4b)。(GC—H6)‘(GC—H5)-‘(H8-GC)。，其中H2b反应路径的能量变化最大，说明该反 应平衡时的转化率最高．动力学上，相对于反应复合物的局部反应能垒大小顺序是H2bH4bH5H6H8，可 以看出在H2b夺取路径中能垒最小，表明了该反应能在室温下迅速完成，和实验结果一致．综合考虑热力学和 动力学方面的分析，发现H2b夺取反应最容易进行，次之是H4b夺取反应，然后是H6和H5．而H8的夺取反应 很难发生，和实验观察到的8位加成产物现象一致． 关键词： DNA氧化损伤： 羟基 自由基：鸟嘌呤一胞嘧啶碱基对； 反应机理；密度泛函理论 中图分类号： O641 HydroxylRadicalReactionwiththeGuanine-CytosineBasePair： A DensityFunctionalTheoryStudy LIMin—Jie DIAO Ling KOULi LIZhong—GaD LUWen-Cong (InnovativeDrugResearchCenter,DepartmentofChemistry,ShanghaiUniversity,Shanghai200444,PR．China) Abstract： Toaddressproblemssuchasaging，mutation，andcancer,itiSofgreatimpo~ancetounderstand thedamagemechanism ofDNA induac dbyhydroxylradiac 1．1nthisstudy,theabstractionreactionmechanism ofhydroxylradicalwithguanine-cytosine(GC)basepairinaqueousphaseunderthepolarizedcontinuummodel (PCM)hasbeenexploredbyusingdensityfunctionaItheory(DFT)．TheresultsindicatedthatalItheabstraction reactionsinGCbasepairwerethermodynamicallyexothermic，andthestabilityofdehydrogenationradicals decreasedintheorderof(H2b—GC)(GC—H4b)。(GC-H6)‘(GC-H5)一‘(H8一GC)。．ThereactionenergyofH2b abstractionpathwaywasthe lowestamongallinvestigated pathways，thusindicatingthatthe reaction conver