流平衡分析简介(FluxBalanceAnalysis).PDF

系统生物学 (Systems Biology) 马彬广 代谢系统建模 (流平衡分析简介) （第九讲） 流平衡分析 (Flux Balance Analysis) M ∂ ∑ 流平衡分析的含义 • 什么是流（Flux）? • 流就是代谢网络中化学反应的反应速率。 • 在稳态下，各代谢物浓度不变，反应速率 满足一定的分布（流分布）。 • 什么流（量）？分子类型转化流，单位时 间内的转化量。 M ∂ ∑ 流平衡分析的含义 • 何谓平衡（balance）？  平衡就是限制（约束）。  约束来自两个方面： 基本物理规律的约束，物质不灭，能量守恒等。 边界条件的约束，底物的供应量（上限），产物的生成量 （下限）等。  因此，流平衡分析又称为基于约束的模型（constraint- based model）. M ∂ ∑ 流平衡分析的含义 • 优化目标（Phenotype） 生长最快（生物量Biomass最大） 某代谢物（ATP 、次级代谢物）产量最大或 最小（致死） • 确定优化目标下的流分布，即，线性约束 下的优化问题（Linear Programming问题） M ∂ ∑ 流平衡分析的用途 • 表型与代谢相关的问题，如： • 生长速率模拟预测 • 次生代谢产物最大化 • 微生物致死的研究（抗生素研发） • 动植物特定组织或发育过程中特定阶段的代谢分析等。 M ∂ ∑ 流平衡分析的流程 • 构建代谢网络； • 把代谢网络表示成数学形式（计量学矩阵）； • （基于稳态假设），根据物料平衡，得到线性方程组 （约束条件）； • 定义优化目标（函数）； • 求解约束下的优化问题，得到流分布和相应的目标值。 M ∂ ∑ M ∂ ∑ 流平衡分析的举例 S B v v v v v v b b v5 1 2 3 4 5 6 1 2 v1 A 1 1 0 0 0 0 1 0  Ao b1 A v3 v4 D b2 Do B  1 0 1 1 1 0 0 0 