丙氨酸二肽分子二级结构与振动光谱特性.pdfVIP

物理化学学$E(WuliHuaxueXuebao) August ActaP ．·Chim．Sin．2012，28(8)，1837-1842 l837 [Article】 doi：l0．3866／PKU．WHXB201205021 www．whxb．pku．edu．cn 丙氨酸二肽分子二级结构与振动光谱特性 蔡开聪 留珊红 刘的文 林 深 (福建师范大学化学与化工学院，福州350007) 摘要： 利用从头算方法探索蛋白质模型分子——丙氨酸二肽的二级结构布居特性以及体系势能变化．引入对 分子结构敏感的振动探针(酰胺振动吸收带)，借助其光谱表象，寻求振动光谱参数与分子结构之间的联系．研究 结果表明：丙氨酸二肽分子处于C。。构型( 一80。180。)时具有最低能量值，且分子易形成13折叠、PP．．、C及 C等能量较低的稳定构型．通过简正模式分析，得到分子3N一6个振动模式的吸收光谱，并通过势能分布分析 方法对分子骨架上酰胺振动吸收带的特征振动模式进行了指认．重点考察分子骨架上酰胺．I带振动光谱参数与 分子构型变化之间的相关性，建立振动光谱参数与蛋 白质二级结构之间的联系，为在化学键水平上研究蛋 白质 的结构及其发挥作用的机制提供科学依据． 关键词： 从头算：丙氨酸二肽：振动光谱：酰胺．I带：简正模式分析：势能分布 中图分类号： 0641 SecondaryStructureandVibrationalSpectralFeatureof AlanineDipeptide CAIKai—Cong LIUShan—Hong LIUDi—Wen LINShen (CollegeofChemf，)，andChemicalEngineering,FujianNormalUniversity,Fuzhou350007,PR．China) Abstract： Abinitio calculationwasperformedon themodelpeptidecompoundalanine dipeptide．The populationofthesecondarystructuresandthecorrespondingpotentialenergiesofalaninedipeptidewere investigated．NormaImodeanalysiswasperformedontheamidevibrationalmodes．whichareknowntobe quite sensitive to themolecularstructure，and the correlationbetween thevibrationalfeature and the molecularstructurewasthenrevealed．Theresultsshow thatalanine dipeptide hasa minimum potentiaI energywhenthe backbone dihedraliSpositioned at =-80。／80。，which canbe denoted asa C7。。 conformation．ItiSalso possible toform thesecondary structureswith 13sheet，PP¨，C5，andC7 conformationsfortheirIOW potentiaIenergies．ThevibrationaIparametersofthe3N-6vibrationalmotions wereobtain