VMD教程.doc

简介： 这个教程为新用户介绍了VMD的用法。老用户也可以用本教程进一步熟悉程序的应用，以更好地利用VMD。本教程是针对VMD 1.8.3设计的，需要约3个小时来完成。 本教程新增的内容可用三个独立的单元讲解。第一个单元主要内容是分子图形表现方法基础， 还会介绍制作形象逼真的图像要了解的知识。另外的两个单元是针对高级用户，介绍了VMD的脚本。尽管非技术性用户可以略去脚本的阅读，但是我们鼓励每个人都去试一试着读一下，因为它会提供一些有力而易用的工具，这些工具是简单的图形用户界面所无法提供的。 本教程以一种有趣的小蛋白质泛素的研究为例来说明VMD的应用。在本文中，一些资料是在小框中出现的。这些小框中包括教程的补充内容，例如泛素扮演的生物学角色，使用VMD的一些提示和捷径等等。 如果你有对本教程的评论和问题，请发邮件至tutorial-l@。邮件列表可以在/Training/Tutorials/mailing list/tutorial-l/.中找到。 泛素 本教程会用VMD来显示泛素。泛素是一个由76个氨基酸组成的小蛋白质，在所有的真核生物中普遍存在。在所有真核生物蛋白质中，泛素是最为保守的蛋白质之一（在昆虫，鱼，牛和人中，前74个氨基酸是完全一样的）。它已被证明存在于细胞核、细胞质和细胞表面。它首要的功能是介导蛋白质降解，在降解过程中，作为细胞内蛋白水解酶识别的标志。 需要的程序：