第六讲分子动力学方法.PDF

第六章 分子动力学方法 Molecular Dynamics Simulations 第一节 引言 计算机模拟分类: (1)随机模拟方法。 优点: 随机模拟方法计算的程序简单，占内存少，但 是该方法难于处理非平衡态的问题。 (2)分子动力学方法（Molecular Dynamics或简称MD） 。 可以处理非平衡态问题。但是使用该方法的程序较复 杂，计算量大，占内存也多。 分子动力学方法利用牛顿古典力学来计算许多分子在 相空间中的轨迹。 分子动力学简介 1. 分子动力学是在原子、分子水平上求解多体问题的 重要的计算机模拟方法。 2. 通过求解所有粒子的运动方程，分子动力学方法可 以用于模拟与粒子运动路径相关的基本过程。 3. 在分子动力学中，粒子的运动行为是通过经典的 Newton运动方程所描述。 第二节 粒子运动方程的数值求解 粒子体系的运动方程⎯⎯Lagrangian方程 1. 定义Lagrangian函数为 则运动的Lagrangian方程为 L L d ∂ ∂ − 0 t q q d ∂ ∂ k k 粒子的运动方程-Lagrangian方程 ∂L p k ∂qk H L (p,q) ∑q p − (q,q) k k k ∂H ∂H qk p k − p ∂q ∂ k k 单原子的牛顿运动方程 p i r i m i m r f −∇ V i i i r