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* * * * 尽管只用一个EST可能引起FP，但是对于EST数据的处理是一个合法表达的可靠指标，并且EST定义的结果的FP是非常低的。原因： （1）只考了与人类基因组对比可靠并且聚集成参考序列位点的EST；来自污染基因组的可疑EST被删除。 （2）根据新建立的转录采样模型，确定表达水平的转录限制了给定采样阶段的检测概率。 微阵列数据中的假阴性原因分析： 由于用界限值200定义的阴性表达是相当保守的。 * * * * 三、讨论 1、大规模基因表达谱的不适当逼近；转录测序和微阵列技术有它们自身的缺陷。 2、样本处理和荧光扫描过程中的系统噪声可以改善，但是不能完全避免；在不同的实验间很难确定存在和不存在的界点。 3、基因本身的定义。 4、“看家”和“维持”的概念应该用与细胞类型，生长时期，细胞周期和不同的生理环境，具体的转录变异方面相关的等级方法来定义。 * * 四、结论 1.现有EST样本数据是远远不足的，许多人类组织的样本数一直很少，定义TS表达的能力非常有限。 2.由于一个可能的过严的阈值，微阵列数据有很高的FN比率比EST数据，导致了对HK基因的严重低估。 3.基于EST数据我们估计：实际上，目前标记的人类基因的大约40%是普遍表达的，比先前只根据微阵列数据估计的数目增加了十倍。 * * * * * * * * 在现有的表达数据中，有多少人类基因可以被定义为看家基因？ 许秀竹 2009.10.30 * * 缩写词： HK：housekeeping; 2. TS： tissue-specific; 3. HK408：408 manually curated genes that are highly proposed to play housekeeping roles; 4. FN： false negative; 5. FP： false positive; 6.EST: expressed sequenced tag . * * 一、背景 人类转录组的复杂性表现在三个方面： 1.多元化的执行组织/细胞特异性功能； 2.在细胞周期和发育期间受到时间控制； 3.其他生理和病理环境的影响； 定义： 看家基因（HK genes）：在所有的细胞或组织中都表达，用来维持基本细胞功能的一个基因集合。 * * 组织特异性基因（TS genes）：在不同的组织和细胞中专门执行特殊功能的细胞。 关键基因：这些基因发生扰乱将导致致命的表型。目前的研究已经证明：维持细菌生命的大约有500个关键基因。 注：处处表达并不意味着关键，反之亦然。 HK基因的特点： 先前的观点： 1.在不同的生物环境中表达处于稳定的水平； 2.可以用来规范定量表达研究的控制基因； * * 新观点： 3.虽然HK基因无处不在的表达，但它们的表达受到严格的控制。 4.在不同的细胞类型中它们的表达水平有很大的不同。 本文关心的HK基因的主要定义为： 在多元化的组织细胞类型中普遍表达来维持基础转录的一组基因。 * * 现有的三种微阵列定义的HK基因列表： 得到的结果：HK基因与TS基因比较有截然不同的性质,包括：基因结构，核苷酸组成，进化速率，蛋白质域 ，和其他基因组的性质。 缺点：虽然这些基因列表得到的基因大约都在500，可是他们之间的重叠部分很少。 HK genes sample chip Warrington et al 533 11 Affymetrix HuGeneFL chip Hsiao et al. 451 19 Affymetrix HuGeneFL chip. Eisenberg et al. 575 47 Affymetrix U95A platform * * 本文的主要工作： 1.使用来自公共数据库的最新的微阵列数据和表达序列标签（EST）数据对HK基因和TS基因重新分类。 2.手动制定一个HK genes的基准（HK408）作为比较这两种不同的数据类型的准则。 3.证明了现有的EST数据是远未饱和的，并且许多组织的样本抽样比较少。 * * 几点不足： 1.EST抽样的不足限制了识别基因和理解TS表达的能力； 2.由于微阵列数据的阈值过于严格表现出很高的假阴性概率比EST数据，这就很明显的低估了HK基因。 结果：根据EST数据，得到一个新的人类HK基因集合，大约在3140到6909之间。 * * 二、结果 （一）先前HK基因列表的限制： 先前HK基因列表的比较 * * 缺陷： 假阳性和假阴性的比率比较高；