1第一章微生物的分类、鉴定及命名-2.0-.ppt

RNA分子作为进化的指征 16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺” 或“分子计时器” ： 1）rRNA具有重要且恒定的生理功能； 2）在16SrRNA分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究； 3）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； 4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取； 5）16SrRNA普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18SrRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。 Eubacteria （真细菌域） Archaebacteria （古细菌域） Eukarya （真核生物域） Carl Woese利用16SrRNA建立分子进化树 微生物 （病毒） 细菌（Bacteria） 古生菌（Archaea） 真菌（酵母、霉菌、蕈菌等）、 单细胞藻类、原生动物等 非细胞型 细胞型 原核微生物 真核微生物（Eukarya） ——古生菌在进化谱系上与真细菌及真核生物相互并列，且与后者关系更近，而其细胞构造却与真细菌较为接近，同属于原核生物。 三域学说受到的挑战： 随着微生物的全基因组序列分析研究的深入，一些学者对Woese的学说提出了了质疑： 1） 16SrRNA或18SrRNA的分子进化很难代表整个基因组的分子进化； 2）已知许多真核生物的基因组和其表达的功能蛋白不象Woese所说的接近古细菌，而是更接近于真细菌； 等等 但是， Woese学说的意义并不在于目前所取得的某些结论，更重要的是它为进一步探讨生命的起源和进化，认识、研究和开发微生物资源提出了新的思路，使我们看到了揭开生命起源和进化之谜的曙光。 6、微生物分类鉴定的特征和技术 形态学特征、 生理学特征、 生态学特征 6.1 生物分类的传统指标： ☆形态学特征 培养特征、 运动性等等 特殊的细胞结构、 细胞形态及其染色特性、 ——是微生物分类和鉴定的重要依据之一： a）易于观察和比较，尤其是真核微生物和具有特殊 形态结构的细菌； b）许多形态学特征依赖于多基因的表达，具有相对 的稳定性； 血清学特征 ☆生理生化特征 与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 代谢产物等 营养类型； 与氧的关系； 对温度的适应性； 对pH的适应性； 对渗透压的适应性； 酶及蛋白质都是基因产物； 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多。 这些特征包括： 常借助特异性的血清学反应来确定未知菌种、亚种或菌株。 ★生态特性 包括在自然界的分布情况，与其他生物有否寄生或共生关系, 宿主种类及与宿主关系, 有性生殖情况, 生活史等。 ★血清学反应 6.2 核酸的碱基组成、序列分析和分子杂交 特点： 与形态及生理生化特性的比较不同，对DNA的碱基 组成的比较和进行核酸分子杂交是直接比较不同微 生物之间基因组的差异，因此结果更加可信。 (1) DNA的碱基组成(G+Cmol%) DNA碱基因组成是各种生物一个稳定的特征，即使个别基因突变，碱基组成也不会发生明显变化。 分类学上，用“G+C”占全部碱基物质的摩尔百分数(G+Cmol%)来表示各类生物的DNA碱基因组成特征。 ◆每个生物种都有特定的GC%范围，因此后者可以作为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25-5%，变化范围最大，因此更适合于细菌的分类鉴定。 ◆GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作出鉴定，并可检验表型特征分类的合理性，从分子水平上判断物种的亲缘关系。 使用原则： 每一种生物都有一定的碱基组成，亲缘关系近的生物，它们应该具有相似的GC%含量；若不同生物之间GC%含量差别很大，表明它们亲缘关系较远。 但具有相似GC%含量的生物，却并不一定表明它们之间具有近的亲缘关系。 在疑难菌株鉴定、新种命名、建立一个新的分类单位时，GC%含量是一项重要的、必不可少的鉴定指标。 同一个种内的不同菌株GC%含量差别应在4～5%以下； 同属不同种的差别应低于10～15%； GC%含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基本特征指标，它对于种、属甚至科的分类鉴定有重要意义. 若2个在形态及生理生化特性方面极其相似的菌株， 如果其GC%含量的差别大于5%，则肯定不是同一个种，大于15%则肯定不是同一个属。 其分类学意义主要是作为建立新分类单元的一项基本特征和把那些GC%含量差别大的种类排除出某一分类单元。 G+C%含量的比较主要用于分类鉴定中的“否定” (2) 核酸的分子杂交 不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间的亲缘关系就越近，反之亦然