使用GenGIS、Mothur根据地图、物种分布树.pptxVIP

使用GenGIS构建地理、物种分布图;需要4个文件： 1）site.csv 2）map.shp 3）Sequence.csv 4）tree;1. Site文件;2. Map文件;3. Sequence文件;4.Tree文件;#以下内容在Rstudio中运行： setwd(C:/GenGISDATA/example) x - read.csv(file = siteandSpRatio.csv, header=T) x # y - read.csv(file=rowNamesSite.csv,header=T) # rownames(x) - paste(AD, 1:33, sep=) rownames(x) - c(AD1, AD2, AD3, E1, E2, E3, K1, K2, K3, Y1, Y2, Y3, dx1, dx2, dx3, JX1, JX2, JX3, PY1, PY2, PY3, NY1, NY2, NY3, CZ1, CZ2, CZ3, SF1, SF2, SF3, JZ1, JZ2, JZ3) d - dist(scale(x)) #dist()中默认参数method = euclidean, hc5 - hclust(d, average) #UPGMA法 plot(hc5, hang = -10) class(hc5) t