一、信号传递动力学机制.pdfVIP

生命奥秘 《蛋白质动态性和进化论》一文中，作者认为，正是因为蛋白质构象具有多样性，所以蛋 白质才能够进化。构象发生哪怕一点改变就会产生完全不一样的功能，突变也能改变蛋白质的 构象平衡状态，从而改变蛋白质的功能。蛋白质这种构象变化对功能影响的程度超出了分子与 细胞水平，已达到了组织水平。 《生命形态发生过程中通用机制简介》一文向我们介绍了细胞与细胞之间的动态相互作 用，以及细胞与细胞外基质粘连复合体之间的动态相互作用是如何受到可溶性因子的影响，最 终形成各种不同组织的过程的。 随着人们对蛋白质组学以及蛋白相互作用网络领域研究的不断深入，下一步将要面临的问 题就是要搞清楚蛋白质在分子层面的动力学情况，蛋白质是如何作为受体、开关和中转站发挥 其功能的，以及是如何在亚细胞水平、细胞水平乃至组织水平进行信息转导的。 一、信号传递动力学机制 蛋白质在生物体内能起到信号传递的作用，它既可以在细胞外发挥作用进行胞外的信号传 递，也可以在细胞内发挥作用，参与组成胞内的信号通路。对于这些具有信号传递功能的蛋白质 来说，最重要的就是它们的动力学特性。本文将就此进行探讨。 对于生物体来说，信号传递是一项基本的功能。细胞间的信号传递、细胞内的信号传递， 将胞外的环境信号传递到胞内等等这些信号传递过程都是生物体必备的。近几年，人们在细胞信 号传递方面的研究取得了长足的进展，并利用蛋白质遗传学相互作用资料和物理相互作用资料绘 制出蛋白质间交互作用组图谱。尽管如此，研究人员目前仍然不清楚信号如何在参与构成信号通 路的各个分子间传递。不过，我们可以通过基于蛋白质水平进行研究的方法来找到答案。诸如经 过结合相互作用介导或共价修饰介导的信息是如何传递给下游分子的问题都能够在蛋白质水平给 予解答。 我们越来越清楚信号传递过程就是依赖蛋白质分子固有的动力学特性来完成的。蛋白质分 子根据不同的输入信号做出相应的反应，改变自身的能量状态，进而将信号传递出去。 不过随之又出现了许多新问题，例如： 是哪些遗传信息赋予蛋白质这种动力学特性，使其能够担负信号传导功能呢？ 一个个的蛋白质结构域是如何组织起来，形成信号传导通路的呢？ 在由众多组成单位形成的互相交织的信号通路体系里，各种信号是如何整合的呢？ 这些信号传递蛋白质的动力学特性最终是如何确定细胞对信号的反应时间以及信号扩增放 大的时间尺度的呢？ 我们现在正在开发新的方法来解答上述问题，但是解决一个问题，又会冒出新的问题。如 果我们能在这既复杂又神奇的研究领域取得突破，那么就能够调控信号通路，甚至重建信号通 路，这对于临床来说具有巨大的治疗价值。 22 蛋白质的 “运动”是由各种共价键和非共价键作用力来控制的。蛋白质因此可以以皮秒 级、毫秒级甚至秒级的频率运动，这些不同频率的蛋白质运动组合在一起就好像一场指挥得当 的交响乐。蛋白质间的相互结合作用或者化学修饰作用可以改变蛋白质本身的运动模式。这可 能只会改变它们各自的运动频率，但也有可能会改变整场 “交响乐”。我们已经知道，蛋白质 的折叠功能实际上就是能量状态理论最好的注解。蛋白质在传递信息的过程中所发生的构象改 变过程实际上就是能量状态的改变过程。能够传递信号的蛋白质构象，即蛋白质的功能构象状 态实际上就是蛋白质处于较低能量状态时的构象 （图1）。在蛋白质折叠与传递信号的过程中， 蛋白质的构象会根据能量状态发生变化，而在不同构象间转换的速度也取决于构象间的能障 （energy barrier ）大小。 图1 有多种方法可以改变蛋白的能量 状态，从而改变蛋白的动力学，使 它们传递信号。A ：图示说明蛋白的 能量状态，红色表示高能态，蓝色